 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago do Marajó | Área de Proteção Ambiental | Cachoeira do Arari | 45.248 km² |
 Terra Indígena Waimiri Atroari | terra indígena no Brasil | Roraima | 25.859 km² |
| Floresta Nacional do Amazonas | Floresta Nacional | Barcelos | 19.442 km² |
 Floresta Nacional de Tefé | Floresta Nacional | Juruá | 8.651 km² |
 Parque Nacional da Serra do Divisor | parque nacional | Porto Walter | 8.362 km² |
| Floresta Nacional de Amapá | Floresta Nacional | Amapá | 4.604 km² |
| Floresta Nacional do Amapá | Floresta Nacional | — | 4.604 km² |
| Floresta Nacional de Saracá-Taquera | Floresta Nacional | Terra Santa | 4.413 km² |
| Floresta Nacional Mapiá - Inauini | Floresta Nacional | — | 3.690 km² |
| Floresta Nacional de Mapiá-Inauiní | Floresta Nacional | Amazonas | 3.689 km² |
 Parque Nacional Grande Sertão Veredas | parque nacional | Formoso | 2.308 km² |
| Floresta Nacional de Tapirapé-Aquiri | Floresta Nacional | Pará | 1.965 km² |
| Floresta Nacional do Tapirapéaquiri | Floresta Nacional | — | 1.965 km² |
| Floresta Nacional de Roraima | Floresta Nacional | Mucajaí | 1.696 km² |
 Parque Nacional do Monte Roraima | parque nacional | Uiramutã | 1.151 km² |
 Reserva Biológica do Tapirapé | Reserva Biológica | São Félix do Xingu | 993 km² |
| Estação Ecológica Samuel | Estação Ecológica | Candeias do Jamari | 690 km² |
 Parque Estadual de Terra Ronca | parque estadual | São Domingos | 570 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Arquipelago de Santana | Área de Proteção Ambiental | Macaé | 473 km² |
 Parque Nacional da Chapada dos Guimarães | parque nacional | Cuiabá | 330 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guajuma | Área de Proteção Ambiental | Nhamundá | 284 km² |
 Reserva Biológica do Tinguá | Reserva Biológica | Miguel Pereira | 248 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Igarapé Gelado | Área de Proteção Ambiental | Parauapebas | 233 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago Paranoá | Área de Proteção Ambiental | distrito federal | 161 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cachoeira das Andorinhas | Área de Proteção Ambiental | Ouro Preto | 143 km² |
| Arie Zona de Vida Silvestre da Apa da Ilha Comprida | Área de Relevante Interesse Ecológico | Ilha Comprida | 126 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cavernas do Peruaçu | Área de Proteção Ambiental | Januária | 46,2 km² |
 Reserva Biológica de Pedra Talhada | Reserva Biológica | Correntes | 43,8 km² |
 Parque Estadual das Furnas do Bom Jesus | parque estadual | Pedregulho | 20,6 km² |
| Monumento Natural Estadual Serra da Piedade | monumento natural | Sabará | 19,5 km² |
| Parque Natural Municipal de Porto Velho | parque natural | Rondônia | 19,2 km² |
| Reserva Biológica do Córrego Grande | Reserva Biológica | Conceição da Barra | 15,0 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável da Ilha do Morro do Amaral | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Joinville | 14,9 km² |
| Reserva Biológica Culuene | Reserva Biológica | Paranatinga | 10,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental Parque e Fazenda do Carmo | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 8,66 km² |
| Parque Estadual da Mata do Godoy | parque estadual | Londrina | 6,83 km² |
 Parque Nacional do Superagui | parque nacional | Guaraqueçaba | 5,43 km² |
 Monumento Natural das Ilhas Cagarras | monumento natural | Rio de Janeiro | 5,30 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Beatriz Gama | Área de Proteção Ambiental | Volta Redonda | 1,42 km² |
| Monumento Natural do Arquipélago das Ilhas Cagarras | monumento natural | Rio de Janeiro | 0,91 km² |
| Monumento Natural Estadual Pico do Ibituruna | monumento natural | Governador Valadares | 0,73 km² |
 Parque Natural Municipal Chico Mendes | parque natural | Rio de Janeiro | 0,41 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Zona de Vida Silvestre da Área de Proteção Ambiental da Ilha Comprida | Área de Relevante Interesse Ecológico | São Paulo | 0,24 km² |
 Parque Estadual da Cantareira - Núcleo Pedra Grande | museu | São Paulo | — |