| Área de Proteção Ambiental de Upaon-Açu / Miritiba / Alto Preguiças | Área de Proteção Ambiental | São José de Ribamar | 9.228 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual da Escarpa Devoniana | Área de Proteção Ambiental | Sengés | 4.148 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Ibirapuitã | Área de Proteção Ambiental | — | 3.167 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ibirapuitã | Área de Proteção Ambiental | Rio Grande do Sul | 3.165 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual da Serra da Esperança | Área de Proteção Ambiental | Paulo Frontin | 2.045 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Guaraqueçaba | Área de Proteção Ambiental | Pontal do Paraná | 1.741 km² |
 Área de Proteção Ambiental Litoral Norte | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 1.447 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Litoral Norte do Estado da Bahia | Área de Proteção Ambiental | Jandaíra | 1.372 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Ilhas de Tinharé e Boipeba | Área de Proteção Ambiental | — | 362 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tinharé / Boipeba | Área de Proteção Ambiental | Cairu | 311 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Procura | Área de Proteção Ambiental | Conceição de Macabu | 214 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santos Continente | Área de Proteção Ambiental | Santos | 184 km² |
 Parque Nacional da Serra Geral | parque nacional | Praia Grande | 173 km² |
| Reserva Extrativista da Mata Grande | Reserva Extrativista | — | 114 km² |
| Reserva Extrativista Mata Grande | Reserva Extrativista | Maranhão | 114 km² |
| Reserva Extrativista do Quilombo Flexal | Reserva Extrativista | — | 93,4 km² |
| Reserva Extrativista Quilombo do Frechal | Reserva Extrativista | Maranhão | 93,4 km² |
| Reserva Extrativista do Extremo Norte do Estado do Tocantins | Reserva Extrativista | — | 90,7 km² |
| Reserva Extrativista Extremo Norte do Tocantins | Reserva Extrativista | Tocantins | 90,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Lagunas e Florestas de Niterói | Área de Proteção Ambiental | — | 86,9 km² |
| Reserva Extrativista do Ciriáco | Reserva Extrativista | Cidelândia | 81,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Três Picos | Área de Proteção Ambiental | Nova Friburgo | 55,8 km² |
 Floresta Nacional de Ipanema | Floresta Nacional | Iperó | 53,9 km² |
| Estação Ecológica do Jardim Botânico | Estação Ecológica | distrito federal | 45,0 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Catolé e Fernão Velho | Área de Proteção Ambiental | Maceió | 37,1 km² |
 Parque Estadual Altamiro de Moura Pacheco | parque estadual | Nerópolis | 31,4 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Palmeiras | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São João Nepomuceno | 21,8 km² |
 Estação Ecológica de Assis | Estação Ecológica | Assis | 17,5 km² |
 Reserva Extrativista Marinha Pirajubaé | Reserva Extrativista Marinha | Santa Catarina | 17,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Cima | Área de Proteção Ambiental | Campos dos Goytacazes | 17,1 km² |
| Reserva Extrativista Marinha do Pirajubaé | Reserva Extrativista | Florianópolis | 16,9 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Caetano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paracatu | 14,2 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Pé de Serra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ibotirama | 12,6 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Caetano-Lugar Santo Agostinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paracatu | 11,8 km² |
| Estação Ecológica do Guaraguaçu | patrimônio natural | Paranaguá | 11,5 km² |
 Parque Estadual Pico do Jabre | parque estadual | Mãe d'Água | 8,52 km² |
 Parque Estadual de Mata das Flores | parque estadual | Castelo | 8,29 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Maciço Central | Área de Proteção Ambiental | Vitória | 6,39 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Palmital | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itapoá | 5,91 km² |
| Apa do Bairro da Freguesia | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 3,80 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Bairro da Freguesia | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 3,80 km² |
 Parque Estadual do Cerrado | parque estadual | Sengés | 3,42 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guaibim | Área de Proteção Ambiental | Valença | 3,37 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual de Guaratuba | Área de Proteção Ambiental | São José dos Pinhais | 1,58 km² |
| Apa do Morro dos Cabritos | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 1,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro dos Cabritos | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 1,35 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vera Cruz | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Chã Preta | 1,15 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Maravilha | Área de Proteção Ambiental | Paty do Alferes | 1,13 km² |
 Área de Proteção Ambiental Anhatomirim | Área de Proteção Ambiental | Governador Celso Ramos | 1,04 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Brisas | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 1,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Burgerkopf | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,83 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Bugerkopf | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,82 km² |
| Apa do Morro da Saudade | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,59 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro da Saudade | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,59 km² |
 Parque Natural Municipal Penhasco Dois Irmãos - Arquiteto Sérgio Bernardes | parque natural | Rio de Janeiro | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Poranga | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaguaí | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Pedra Bonita | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São João Nepomuceno | 0,33 km² |
| Parque Natural Municipal da Freguesia | parque natural | Rio de Janeiro | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Angaba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaguaí | 0,29 km² |
| Parque Natural Municipal Dr. Milne Ribeiro | parque natural municipal | — | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Chácara Mangueiras | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Goiânia | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Particular Schuster | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Humaitá | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Carbocloro S/A | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cubatão | 0,01 km² |
| Apiacás Biological Reserve | área protegida do Brasil | — | — |