| Reserva Biológica Bom Jesus | Reserva Biológica | Antonina | 342 km² |
| Parque Estadual Nascentes do Paranapanema | parque estadual | Capão Bonito | 222 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bemposta | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 196 km² |
| Área de Proteção Ambiental Adolpho Ducke | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 182 km² |
| Área de Proteção Ambiental Itaguaí Itingussú Espigão Taquara | Área de Proteção Ambiental | Itaguaí | 136 km² |
 Parque Nacional da Furna Feia | parque nacional | Mossoró | 85,2 km² |
| Parque Estadual da Lagoa do Açu | parque estadual | Campos dos Goytacazes | 82,5 km² |
 Parque Estadual da Pedra Selada | parque estadual | Resende | 80,4 km² |
| Estação Ecológica Serra da Canoa | Estação Ecológica | Floresta | 76,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Morro da Torre | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 42,5 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Caruara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São João da Barra | 38,4 km² |
| Monumento Natural Municipal da Serra do Soarinho | monumento natural | Cachoeiras de Macacu | 35,1 km² |
| Monumento Natural Municipal do Pico do Itaguaré | monumento natural | Cruzeiro | 33,3 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre de Itapema | refúgio de vida silvestre | Itapema | 26,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Serra do Guararu | Área de Proteção Ambiental | Guarujá | 25,6 km² |
 Estação Ecologica Bita e Utinga | Estação Ecológica | Ipojuca | 24,7 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre de Macacu | refúgio de vida silvestre | Cachoeiras de Macacu | 19,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santa Fé | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 18,1 km² |
| Parque Natural Municipal Terraços Marinhos | parque natural municipal | Espírito Santo | 17,3 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Municipal Papagaio | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Anchieta | 17,3 km² |
| Monumento Natural Canyons e Corredeiras do Rio Sono | monumento natural | São Félix do Tocantins | 14,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municípal Manguezal Sul da Serra | Área de Proteção Ambiental | Serra | 10,6 km² |
| Reserva Biológica Biopampa | Reserva Biológica | Candiota | 10,4 km² |
| Estação Ecológica do Pécem | Estação Ecológica | Caucaia | 9,64 km² |
| Estação Ecológica Municipal Severino Ravanelo | Estação Ecológica | Ceará | 9,64 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre dos Morros do Caraunã e do Padre | refúgio de vida silvestre | Água Branca | 8,99 km² |
| Parque Natural Municipal do Pequi | parque natural | Mambaí | 8,57 km² |
| Parque Natural Municipal Barão de Mauá | parque natural | Magé | 6,76 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico do Morro do Iririú | Área de Relevante Interesse Ecológico | Joinville | 4,98 km² |
| Parque Natural Municipal Olesio dos Santos | parque natural municipal | São Paulo | 4,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nascentes do Rio Araguaia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mineiros | 3,90 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Lameirão/Goiabal | Área de Proteção Ambiental | Paty do Alferes | 3,36 km² |
| Monumento Natural da Pedra Redonda | monumento natural | São José de Ubá | 3,12 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica de Guapiaçu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cachoeiras de Macacu | 3,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rosendo Netto de Souza Andrade | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,84 km² |
| Parque Natural Municipal Jaceguava | parque natural | São Paulo | 2,78 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Lagoa Silvana | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fundão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Costa Rica | 2,52 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Odir Zanelatto | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaiópolis | 2,12 km² |
| Monumento Natural Municipal Palanquinho | monumento natural | — | 2,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Portal da Água Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 2,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Portal Água Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 2,01 km² |
 Parque Natural Municipal Bororé | parque natural | São Paulo | 1,68 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cruz Preta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 1,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Florescer | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Urubici | 1,55 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Linear do igarapé do Gigante | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 1,55 km² |
 Parque Natural Municipal Varginha | parque natural | São Paulo | 1,42 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Reserva de Fontes e Verdes | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaraguá do Sul | 1,30 km² |
| Monumento Natural Municipal da Serra da Bolívia | monumento natural | Aperibé | 1,27 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Juá | Área de Proteção Ambiental | Santarém | 1,26 km² |
| Parque Natural Municipal Nascente do Rio Taquari | parque natural municipal | Mato Grosso | 1,23 km² |
| Monumento Natural Municipal Serra do Bom Sucesso | monumento natural | Alcinópolis | 1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Guandu-jacatirão | Área de Proteção Ambiental | Queimados | 0,92 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Demuner | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prado | 0,80 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Corredeiras do Rio Itajaí II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaiópolis | 0,79 km² |
| Parque Estadual Mata da Pimenteira | parque estadual | Serra Talhada | 0,77 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Passarim II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paulo Lopes | 0,67 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre de Quatis | refúgio de vida silvestre | — | 0,64 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Neném Barros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Crateús | 0,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ana Helena | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,62 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Paraíso I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Seguro | 0,59 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Carlos Silvério da Rocha de Proteção Ao Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,58 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Carlos Silvério da Rocha de Proteção Ao Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,58 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gália | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guaramiranga | 0,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Raso do Mandi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaiópolis | 0,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Porto Alegre | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Colônia Leopoldina | 0,53 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estrela do Sul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Colônia Leopoldina | 0,52 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Herculano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural UFMS | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Campo Grande | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Irmãos Satelis | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Presidente Médici | 0,41 km² |
 Parque Natural Municipal da Lajinha | parque natural municipal | Juiz de Fora | 0,38 km² |
| Parque Natural Municipal do Juqueriquerê | parque natural | Caraguatatuba | 0,35 km² |
| Parque Natural Municipal Rego dos Carrapatos | parque natural | Nova Lima | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica de Guapiaçu 2 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cachoeiras de Macacu | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gibeão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Presidente Médici | 0,31 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Morro do Elefante | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,31 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Alto da Boa Vista - Resgate Viii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 0,30 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Campos Joviano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Delfim Moreira | 0,30 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Corumbau | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prado | 0,29 km² |
| Área de Proteção Ambiental Posse/Guarita | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 0,29 km² |
| Parque Natural Municipal Pedro Geraldo de Menezes | parque natural | Unaí | 0,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Papa Mel | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Colônia Leopoldina | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Papagaio do Peito Roxo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sitio Manaca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guaratinguetá | 0,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Refúgio do Bugio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Maria Madalena | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Riacho Fundo I e II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,22 km² |
| Parque Natural Municipal da Biquinha | parque natural | Padre Paraíso | 0,21 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Imbiruçu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,21 km² |
 Parque Natural Municipal do Banhado | parque natural | São Paulo | 0,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Bem | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rio Fundo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Espírito Santo | 0,16 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Aurora Natura | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Tocantins | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Centro de Pesquisa Espeleológico - Aurora Natura | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Tocantins | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Centro de Pesquisa Espeliológico - Aurora Natura | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural dos Guedes | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Guanandi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Corvo Branco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Urubici | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pirangy | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itabaianinha | 0,14 km² |
| Parque Natural Municipal Cachoeira de Sarzedo | parque natural municipal | Minas Gerais | 0,13 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Dadinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Atibaia | 0,12 km² |
| Refugio de Vida Silvestre Ingá | refúgio de vida silvestre | São José de Ubá | 0,11 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Pedra Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Terra do Sol e da Lua | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale das Borboletas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,11 km² |
| Parque Natural Municipal Itaim | parque natural | São Paulo | 0,10 km² |
| Parque Natural Municipal Vista Alegre | parque natural | Curitiba | 0,10 km² |
| Parque Natural Municipal do Cuiá - Parque Cuiá | parque natural | João Pessoa | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Canto do Senhor | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda São Pedro III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estância Rio do Ouro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Silva Jardim | 0,07 km² |
 Área de Proteção Ambiental Parque Linear do Bindá | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural 07 de Outubro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Conselheiro Pena | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda São Pedro II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nêga Fulô | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal de Cachoeira do Campo | parque natural | Ouro Preto | 0,04 km² |
| Parque Natural Municipal Rio dos Índios | parque natural municipal | — | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Barra do Bacalhau | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guaraciaba | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Passaredo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ceará | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural da Água Boa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ville Casa Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,03 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Calvário | Área de Proteção Ambiental | — | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Aves Gerais | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Chalé Club do Alambary | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Resende | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Usina | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,02 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Museu Parque Seringal | Área de Relevante Interesse Ecológico | Ananindeua | 0,01 km² |