| Parque Estadual Ambiental das Árvores Gigantes da Amazônia | parque estadual | — | 5.594 km² |
| Arie Paulo Nogueira Neto | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 431 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Nossa Senhora Aparecida | Área de Proteção Ambiental | Sapucaia | 57,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Serras de Pindobaçu | Área de Proteção Ambiental | Pindobaçu | 34,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Nossa Senhora de Santana | Área de Proteção Ambiental | Sapucaia | 27,7 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Parque Levantina | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Camanducaia | 22,1 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Amparo | refúgio de vida silvestre | Nova Friburgo | 10,3 km² |
| Estação Ecológica Rio das Pombas | Estação Ecológica | Paranaguá | 8,55 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Anita Ii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra da Estiva | 8,41 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Anita I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra da Estiva | 6,76 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata da Sálvia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Satuba | 6,23 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pico dos Três Estados | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itanhandu | 5,81 km² |
| Arie I de Ramilândia | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 5,65 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Rio Vermelho | Área de Relevante Interesse Ecológico | Rondonópolis | 4,32 km² |
| Monumento Natural Águas das Neves | monumento natural | Pindobaçu | 3,88 km² |
| Parque Natural Municipal da Barra do Rio Grande | parque natural municipal | — | 3,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda São José | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ituberá | 3,67 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córrego do Marimbondo | Área de Proteção Ambiental | Italva | 3,58 km² |
| Reserva Biológica Resistência Popular | Reserva Biológica | Rondonópolis | 3,46 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Córrego do Sítio II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Raposos | 3,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Lua Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Serro | 3,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Anita Iii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra da Estiva | 2,66 km² |
| Reserva Biologica Arco Verde | Reserva Biológica | Rondonópolis | 2,58 km² |
| Rds Foz do Itabapoana | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Presidente Kennedy | 2,48 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Foz do Itabapoana | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Presidente Kennedy | 2,48 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jurema | Área de Proteção Ambiental | Arapiraca | 2,43 km² |
| Parque Natural Municipal das Araras | parque natural | Rondonópolis | 2,31 km² |
| Monumento Natural Pedra Branca | monumento natural | Ortigueira | 1,78 km² |
| Reserva Particular Patrimônio Natural Parque do Mico | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Silva Jardim | 1,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gaipió | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ipojuca | 0,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nossa Senhora da Conceição | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Gonçalo dos Campos | 0,79 km² |
| Monumento Natural do Poço Pelado | monumento natural | Pindobaçu | 0,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Terra da Unidade | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Serro | 0,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Carlos I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Marcionílio Souza | 0,69 km² |
| Parque Natural Municipal Chico Mendes | parque natural | Rondonópolis | 0,64 km² |
| Monumento Natural do Recreio dos Bandeirantes | monumento natural | Rio de Janeiro | 0,63 km² |
| Parque Natural Municipal Mário Marques de Almeida | parque natural | Rondonópolis | 0,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Simar | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Claro | 0,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Relicário da Serra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Conceição do Mato Dentro | 0,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Romão Gramacho Falcão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Carlos Ii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Marcionílio Souza | 0,52 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Siriema | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carinhanha | 0,51 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico (ARIE) da Ilha dos Valadares | Área de Relevante Interesse Ecológico | Paranaguá | 0,50 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Manoel Lisboa | refúgio de vida silvestre | Rondonópolis | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Araucária | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Passa-Vinte | 0,47 km² |
| Parque Natural Municipal da Mata Leste | parque natural | Campo Bom | 0,43 km² |
| Reserva Extrativista Filhos do Mangue | Reserva Extrativista | Primavera | 0,41 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nova Vida I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carinhanha | 0,40 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Antonio Conselheiro | refúgio de vida silvestre | Rondonópolis | 0,38 km² |
| Reserva Extrativista Viriandeua | Reserva Extrativista | Salinópolis | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Tio Mundico | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Valença | 0,34 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Itapipoca | Área de Proteção Ambiental | Itapipoca | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual do Sissial | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Governador Celso Ramos | 0,28 km² |
| Parque Municipal Veu da Noiva | parque natural municipal | — | 0,24 km² |
| Parque Natural Municipal Morro do Morcego Dora Hees de Negreiros | parque natural | Niterói | 0,24 km² |
| Parque Natural Municipal Papagaio Galego | parque natural | Palmas | 0,18 km² |
| Parque Natural Municipal Tereza de Benguela | parque natural | Rondonópolis | 0,17 km² |
| Parque Natural Municipal Águas Claras | parque natural | Rondonópolis | 0,17 km² |
| Monumento Natural Cavernas de São Desidério | monumento natural | São Desidério | 0,16 km² |
| Parque Natural Municipal Cacique Orochi | parque natural | Rondonópolis | 0,16 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gavião Carijó | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carinhanha | 0,16 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre do Sauim-de-Coleira | refúgio de vida silvestre | Itacoatiara | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Muriqui | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Tapiraí | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nardini Sempre Verde | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Monte Alto | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nelson Mandela | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rondonópolis | 0,14 km² |
| Parque Natural Municipal Fazenda das Laranjeiras | parque natural | Comendador Levy Gasparian | 0,13 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Chácara do Madeiro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Tibau do Sul | 0,13 km² |
| Parque Natural Municipal Juary Miranda de Moraes | parque natural | Rondonópolis | 0,12 km² |
| Reserva Biológica (Rebio) Mata dos Guanandis - Simflor I | Reserva Biológica | Itapoá | 0,12 km² |
| Parque Natural Municipal (PNM) do Ribeirão dos Almeidas | parque natural | Paranaguá | 0,10 km² |
| Parque Natural Municipal Cachoeira da Amorosa | parque natural | Conceição de Macabu | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nova Vida Ii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carinhanha | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Hermínio Girardi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Laurentino | 0,09 km² |
| Parque Natural Municipal (PNM) do Rio das Pedras | parque natural | Paranaguá | 0,07 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ilha Verde | Área de Proteção Ambiental | Mangaratiba | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Capão da Onça | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Mirante da Agronômica | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Agronômica | 0,05 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Tuki | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Tomé das Letras | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pontal do Moleque | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carrancas | 0,04 km² |
| Monumento Natural de Icarahy | monumento natural | Niterói | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Canela Preta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio do Sul | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Costa Esmeralda | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Belo | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Daphne Kaukal Valladares | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Pirapora | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ribeirão das Estrelas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Transbaú I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Bento do Sapucaí | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vida em Abundância | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Bento do Sapucaí | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cláudia Almeida | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Niterói | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Labareda Ii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Labareda Iii | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Labareda V | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Pinhal - Gleba 2 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Piracaia | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Pinhal - Gleba 3 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Piracaia | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Labareda I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,01 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Tabocas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ponto Chique | 0,01 km² |