 Muriqui-do-sul | Brachyteles | espécie em perigo crítico |
| Mussurana montana | Mussurana | segura ou pouco preocupante |
 Myersiella microps | Myersiella | segura ou pouco preocupante |
| Myrcia colpodes | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia morroqueimadensis | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia neoestrellensis | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia revoluta | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia sucrei | Myrcia | espécie vulnerável |
| Myrciaria leucadendron | Myrciaria | espécie em perigo crítico |
| Myrmarachne penicillata | Myrmarachne | — |
| Myrmecium rufum | Myrmecium | — |
| Myrmotherula fluminensis | Myrmotherula | — |
 Mãe-de-taoca-papuda | Rhegmatorhina | segura ou pouco preocupante |
| Naatlo maturaca | Naatlo | — |
| Nasutonops | Caponiidae | — |
| Naubolus micans | Naubolus | — |
 Neoctenus comosus | Neoctenus | — |
| Neodiplothele | Barychelidae | — |
| Neodiplothele irregularis | Neodiplothele | — |
| Neodrassex | Gnaphosidae | — |
| Neohahnia sylviae | Neohahnia | — |
| Neopisinus fiapo | Neopisinus | — |
| Neoxyphinus keyserlingi | Neoxyphinus | — |
| Nolavia rubriventris | Nolavia | — |
| Nops mathani | Nops | — |
| Nops meridionalis | Nops | — |
| Nops nitidus | Nops | — |
| Nopyllus | Gnaphosidae | — |
| Nosferattus | Salticidae | — |
| Nosferattus occultus | Nosferattus | — |
| Nothobachia ablephara | Nothobachia | segura ou pouco preocupante |
| Nothobrya schubarti | Nothobrya | — |
 Nyctimantis brunoi | Aparasphenodon | segura ou pouco preocupante |
| Nyetnops guarani | Nyetnops | — |
| Ocotea kostermanniana | Ocotea | espécie ameaçada |
| Odo blumenauensis | Odo | — |
| Odo obscurus | Odo | — |
| Odo pulcher | Odo | — |
| Odo serrimanus | Odo | — |
| Odo similis | Odo | — |
 Odo vittatus | Odo | — |
 Odontophrynus carvalhoi | Odontophrynus | segura ou pouco preocupante |
 Odontophrynus cultripes | Odontophrynus | segura ou pouco preocupante |
| Odontophrynus salvatori | Odontophrynus | — |
| Ogulnius clarus | Ogulnius | — |
| Oleria synnova | Oleria | — |
| Olios albus | Olios | — |
| Oncidium kautskyi | Oncidium | — |