 Leptodactylus troglodytes | Leptodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Leptodactylus vastus | Leptodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Leptodactylus viridis | Leptodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Licania anneae | Licania | — |
| Linothele annulifila | Linothele | — |
| Linothele cristata | Linothele | — |
 Linothele fallax | Linothele | — |
| Linothele gymnognatha | Linothele | — |
 Linothele paulistana | Linothele | — |
| Liotyphlops beui | Liotyphlops | segura ou pouco preocupante |
| Liotyphlops trefauti | Liotyphlops | dados insuficientes |
 Longistriata flava | Longistriata | dados insuficientes |
| Longistylus ygapema | Longistylus | — |
| Lophodactylus rex | Lophodactylus | — |
| Loxosceles adelaida | Loxosceles | — |
| Loxosceles similis | Loxosceles | — |
| Lycaste ciliata | Lycaste | — |
| Lychnocephalus tomentosus | Lychnocephalus | espécie vulnerável |
 Lygodactylus klugei | Lygodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Lysapsus caraya | Lysapsus | segura ou pouco preocupante |
| Lytocaryum insigne | Lytocaryum | — |
| Macairea cuieirasii | Macairea | espécie ameaçada |
 Macrogenioglottus alipioi | Macrogenioglottus | segura ou pouco preocupante |
| Macrotorus utriculatus | Macrotorus | — |
| Macutula | Salticidae | — |
| Maeota dichrura | Maeota | — |
| Magnichela santaremensis | Magnichela | — |
| Mago intentus | Mago | — |
| Magulla | Terafosídeos | — |
| Manilkara excelsa | Manilkara | espécie vulnerável |
| Marlierea sucrei | Marlierea | — |
| Mascagnia chlorocarpa | Mascagnia | — |
| Masdevallia discoidea | Masdevallia | — |
| Mastigoceras camponoti | Mastigoceras | — |
| Mastigoproctus brasilianus | Mastigoproctus | — |
| Mastigoproctus butleri | Mastigoproctus | — |
| Matourea caparaoensis | Matourea | — |
| Matta angelomachadoi | Matta | — |
| Maxillaria elluziae | Maxillaria | — |
| Maxillaria phoenicanthera | Maxillaria | — |
| Maxillaria robusta | Maxillaria | — |
| Maxillaria schunkeana | Maxillaria | — |
| Medionops claudiae | Medionops | — |
| Medionops murici | Medionops | — |
| Medionops ramirezi | Medionops | — |
 Megaelosia | Hylodidae | — |
 Megaelosia apuana | Megaelosia | — |
| Megaelosia goeldii | Megaelosia | segura ou pouco preocupante |