| Sparianthis humaita | Sparianthis | — |
| Sparianthis juazeiro | Sparianthis | — |
| Sparianthis juruti | Sparianthis | — |
| Spelaeobochica | Bochicinae | — |
| Spelaeochernes | Chernetinae | — |
 Sphaenorhynchus caramaschii | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus orophilus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
| Sphaenorhynchus palustris | Sphaenorhynchus | dados insuficientes |
 Sphaenorhynchus planicola | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus prasinus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus surdus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Spintharus leverger | Spintharus | — |
 Spondias venulosa | Spondias | segura ou pouco preocupante |
 Stanhopea insignis | Stanhopea | — |
| Staurogyne carvalhoi | Staurogyne | — |
| Staurogyne nitida | Staurogyne | — |
| Stegodyphus manaus | Stegodyphus | — |
| Stemodia veronicoides | Stemodia | — |
| Stenocercus dumerilii | Stenocercus | espécie vulnerável |
| Stenocercus sinesaccus | Stenocercus | segura ou pouco preocupante |
| Stenodeza acuminata | Stenodeza | — |
| Stenolepis ridleyi | Stenolepis | segura ou pouco preocupante |
| Stenoterommata bodoquena | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata chavarii | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata egric | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata neodiplornata | Stenoterommata | — |
 Stephanoxis lalandi | Stephanoxis | segura ou pouco preocupante |
 Stereocyclops | Microhylidae | — |
 Stereocyclops incrassatus | Stereocyclops | segura ou pouco preocupante |
| Stereocyclops parkeri | Stereocyclops | segura ou pouco preocupante |
| Sternarchorhynchus britskii | Sternarchorhynchus | dados insuficientes |
| Sternarchorhynchus mesensis | Sternarchorhynchus | segura ou pouco preocupante |
| Stigmatodon funebris | Stigmatodon | — |
| Stigmatodon harrylutheri | Stigmatodon | — |
| Stigmatodon plurifolius | Stigmatodon | — |
| Stillingia loranthacea | Stillingia | espécie ameaçada |
 Strephonota elika | Strephonota | — |
| Strephonota perola | Strephonota | — |
 Strobilurus torquatus | Strobilurus | segura ou pouco preocupante |
 Stromanthe porteana | Stromanthe | — |
| Stropharia acanthocystis | Stropharia | espécie vulnerável |
| Stropharia araucariae | Stropharia | espécie vulnerável |
| Stropharia coelhoi | Stropharia | espécie vulnerável |
 Sudamerlycaste rossyi | Sudamerlycaste | — |
| Syagrus insignis | Syagrus | — |
 Symmachia aconia | Symmachia | — |
| Symmachia almeidai | Symmachia | — |
| Symmachia arcuata | Symmachia | — |