| Salvia fruticetorum | Salvia | — |
| Sampaiosia crulsi | Sampaiosia | — |
 Sapo-Folha-da-Mata-Atlântica | Rhinella | segura ou pouco preocupante |
 Sapo-pulga | Brachycephalus | segura ou pouco preocupante |
 Saracura-do-mangue | Aramides | segura ou pouco preocupante |
| Saranthe klotzschiana | Saranthe | — |
| Sarbia antias | Sarbia | — |
| Sarbia catomelaena | Sarbia | — |
| Sarbia curitiba | Sarbia | — |
 Sarbia damippe | Sarbia | — |
| Sarbia pertyi | Sarbia | — |
| Sarbia soza | Sarbia | — |
| Sarbia xanthippe | Sarbia | — |
| Sarindoides violaceus | Sarindoides | — |
 Saíra-dourada | Tangara | segura ou pouco preocupante |
 Saíra-lagarta | Tangara | segura ou pouco preocupante |
 Saíra-sapucaia | Tangara | espécie vulnerável |
| Schaenicoscelis elegans | Schaenicoscelis | — |
| Schaueria litoralis | Schaueria | — |
| Schaueria lophura | Schaueria | — |
| Schefflera varisiana | Schefflera | — |
 Schistosoma mansoni | Schistosoma | — |
| Schradera brasiliensis | Schradera | segura ou pouco preocupante |
 Schultesia guianensis | Schultesia | — |
| Sciadotenia acutifolia | Sciadotenia | — |
| Scinax agilis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax alter | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax argyreornatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax atratus | Scinax | dados insuficientes |
 Scinax auratus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax camposseabrai | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax cardosoi | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax catharinae | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax centralis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax constrictus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax cretatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax crospedospilus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax cuspidatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax eurydice | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax flavoguttatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax hayii | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax hiemalis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax humilis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax imbegue | Scinax | — |
 Scinax juncae | Scinax | — |
 Scinax littoralis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax melanodactylus | Scinax | — |
| Scinax obtriangulatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |