 Brasiliscincus heathi | Brasiliscincus | segura ou pouco preocupante |
| Brasilotyphlus | Caeciliidae | — |
| Brasilotyphlus guarantanus | Brasilotyphlus | segura ou pouco preocupante |
| Brazilatemnus browni | Brazilatemnus | — |
| Breda flavostriata | Breda | — |
 Briba (género) | Hemidactylus | segura ou pouco preocupante |
| Brotheas amazonicus | Brotheas | — |
| Bulboctenus itunaitata | Bulboctenus | — |
| Bulboctenus kayapo | Bulboctenus | — |
| Bulboctenus munduruku | Bulboctenus | — |
| Caaeteboia amarali | Caaeteboia | segura ou pouco preocupante |
| Caayguara | Sparassidae | — |
| Caecilia armata | Caecilia | dados insuficientes |
 Caligo beltrao | Caligo | — |
 Callicore cyclops | Callicore | — |
| Callicore hydamis | Callicore | — |
 Callicore hydaspes | Callicore | — |
| Calycopis vibulena | Calycopis | — |
| Calyptommatus | Gymnophthalminae | — |
 Canistrum fragrans | Canistrum | — |
| Caparaonia itaiquara | Caparaonia | segura ou pouco preocupante |
| Capeta | Salticidae | — |
| Capidava auriculata | Capidava | — |
 Capitão-de-saíra | Attila | segura ou pouco preocupante |
 Casaca-de-couro-da-lama | Furnarius | segura ou pouco preocupante |
 Cascudo-zebra-imperial | Hypancistrus | espécie em perigo crítico |
| Catanduba | Terafosídeos | — |
 Catoblepia amphirhoe | Catoblepia | — |
 Cattleya hoehnei | Cattleya | — |
 Cattleya munchowiana | Cattleya | — |
 Cattleya praestans | Cattleya | — |
 Caxiú-preto | Chiropotes | espécie ameaçada |
 Cecropia glaziovii | Cecropia | segura ou pouco preocupante |
 Ceratophrys aurita | Ceratophrys | segura ou pouco preocupante |
 Ceratophrys joazeirensis | Ceratophrys | segura ou pouco preocupante |
| Cercosaura quadrilineata | Cercosaura | segura ou pouco preocupante |
| Ceriomura cruenta | Ceriomura | — |
| Chiasmocleis alagoanus | Chiasmocleis | espécie vulnerável |
| Chiasmocleis atlantica | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis avilapiresae | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis capixaba | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis lacrimae | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chiasmocleis leucosticta | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis mehelyi | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chiasmocleis schubarti | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chironius brazili | Chironius | — |
 Chironius foveatus | Chironius | segura ou pouco preocupante |
 Chironius laevicollis | Chironius | segura ou pouco preocupante |