 Chiroxiphia bokermanni | Chiroxiphia | espécie em perigo crítico |
| Chthonerpeton braestrupi | Chthonerpeton | dados insuficientes |
| Chthonos pectorosa | Chthonos | — |
| Chthonos quinquemucronata | Chthonos | — |
| Chthonos tuberosa | Chthonos | — |
| Ciniflella lutea | Ciniflella | — |
| Cissus apendiculata | Cissus | — |
| Cissus coccinea | Cissus | — |
| Cissus pulcherrima | Cissus | — |
| Cissus serroniana | Cissus | — |
| Coendou insidiosus | Coendou | segura ou pouco preocupante |
 Coleodactylus brachystoma | Coleodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Coleodactylus meridionalis | Coleodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Colobodactylus | Gymnophthalminae | — |
| Colobodactylus dalcyanus | Colobodactylus | espécie ameaçada |
| Colobodactylus taunayi | Colobodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Colobosaura modesta | Colobosaura | segura ou pouco preocupante |
| Colobosauroides | Ecpleopinae | — |
| Copeoglossum arajara | Copeoglossum | segura ou pouco preocupante |
| Corcovetella aemulatrix | Corcovetella | — |
| Coryphasia albibarbis | Coryphasia | — |
 Corythomantis | Hylinae | — |
 Corythomantis greeningi | Corythomantis | segura ou pouco preocupante |
| Cosmopelma | Barychelidae | — |
| Couepia carautae | Couepia | — |
| Crepinella varisiana | Crepinella | — |
| Crossodactylodes | Leptodactylidae | — |
| Crossodactylus aeneus | Crossodactylus | dados insuficientes |
| Crossodactylus boulengeri | Crossodactylus | — |
| Crossodactylus caramaschii | Crossodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Crossodactylus dispar | Crossodactylus | dados insuficientes |
 Crossodactylus gaudichaudii | Crossodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Crossodactylus grandis | Crossodactylus | espécie em perigo crítico |
| Crossodactylus werneri | Crossodactylus | — |
| Cryptanthus pseudoglaziovii | Cryptanthus | — |
| Cryptocellus foedus | Cryptocellus | — |
| Cryptoditha | Tridenchthoniidae | — |
 Ctenomys brasiliensis | Ctenomys | dados insuficientes |
 Ctenomys lami | Ctenomys | espécie vulnerável |
 Cuitelão | Jacamaralcyon | Espécie quase ameaçada |
 Cuspidor-de-máscara-preta | Conopophaga | segura ou pouco preocupante |
 Cycloramphidae | Anura | — |
 Cycloramphus | Cycloramphinae | — |
| Cycloramphus bolitoglossus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus boraceiensis | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus carvalhoi | Cycloramphus | espécie em perigo crítico |
| Cycloramphus eleutherodactylus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus fulginosus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |