| Reserva da Biosfera do Pantanal | reserva da biosfera | Goiás | 251.569 km² |
| Reserva Extrativista Alto Tarauacá | Reserva Extrativista | Acre | 1.541 km² |
| Reserva Extrativista do Alto Tarauacá | Reserva Extrativista | — | 1.541 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Sub-Bacia do Rio Ivinhema | Área de Proteção Ambiental | Novo Horizonte do Sul | 1.352 km² |
 Área de Proteção Ambiental Jalapão | Área de Proteção Ambiental | Ponte Alta do Tocantins | 1.350 km² |
| Reserva Extrativista Marinha do Corumbau | Reserva Extrativista | — | 900 km² |
 Reserva Extrativista Corumbau | Reserva Extrativista | Bahia | 895 km² |
 Parque Nacional da Serra da Bodoquena | parque nacional | Bonito | 787 km² |
| Parque Estadual do Pantanal do Rio Negro | parque estadual | Corumbá | 779 km² |
 Parque Estadual Cristalino | parque estadual | Novo Mundo | 590 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baleia Franca | Área de Proteção Ambiental | Balneário Rincão | 330 km² |
| Monumento Natural das Árvores Fossilizadas do Estado do Tocantins | monumento natural | Filadélfia | 325 km² |
| Parque Estadual Zé Bolo Flô | parque estadual | Cuiabá | 312 km² |
| Monumento Natural das Árvores Fossilizadas | monumento natural | Filadélfia | 292 km² |
| Reserva Extrativista Marinha do Delta do Parnaíba | Reserva Extrativista | Água Doce do Maranhão | 270 km² |
 Reserva Extrativista Marinha do Delta do Parnaiba | Reserva Extrativista Marinha | Piauí | 258 km² |
 Área de Proteção Ambiental dos Pireneus | Área de Proteção Ambiental | Cocalzinho de Goiás | 192 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio Cênico Rotas Monçoeiras | Área de Proteção Ambiental | Coxim | 172 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Jibóia | Área de Proteção Ambiental | Nazário | 172 km² |
| Parque Estadual da Mata Seca | parque estadual | — | 154 km² |
| Parque Estadual Mata Seca | parque estadual | Minas Gerais | 154 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Verde | Área de Proteção Ambiental | Araucária | 148 km² |
 Reserva Extrativista Marinha da Baia de Iguapé | Reserva Extrativista Marinha | Bahia | 101 km² |
| Reserva Extrativista Marinha da Baía do Iguape | Reserva Extrativista | Cachoeira | 101 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estrada Parque de Piraputanga | Área de Proteção Ambiental | Aquidauana | 101 km² |
 Parque Estadual Mãe Bonifácia | parque estadual | Cuiabá | 64,2 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Marvão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Castelo do Piauí | 51,0 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Boa Ventura | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra | 47,5 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Serra das Almas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ceará | 47,5 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Santa Helena - Ms | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mato Grosso do Sul | 43,0 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Santa Helena | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mato Grosso do Sul | 41,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Jijoca | Área de Proteção Ambiental | Jijoca de Jericoacoara | 39,5 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pontal do Jaburu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Crixás | 29,0 km² |
 Parque Estadual das Sete Passagens | parque estadual | Miguel Calmon | 28,2 km² |
| Apa da Serra dos Pretos Forros | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra dos Pretos Forros | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Pacoti | Área de Proteção Ambiental | Aquiraz | 26,1 km² |
| Estação Ecológica Wenceslau Guimarães | Estação Ecológica | Wenceslau Guimarães | 24,2 km² |
| Parque Estadual do Rio Guarani | parque estadual | Três Barras do Paraná | 22,2 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata Estrela | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Baía Formosa | 20,4 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Margarida | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bela Vista | 20,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Manguezal da Barra Grande | Área de Proteção Ambiental | Icapuí | 17,7 km² |
| Estação Ecológica Mata do Cedro | Estação Ecológica | Cláudio | 15,6 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Barra Mansa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Arapoti | 9 km² |
 Parque Estadual Gruta da Lagoa Azul | parque estadual | Nobres | 5,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Fugidos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Piraí do Norte | 4,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural União | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Janeiro | 3,43 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Fundação Rocha Loures | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Unaí | 3 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Usina Coronel Domiciano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,64 km² |
 Parque Estadual Marinho de Areia Vermelha | parque estadual | Cabedelo | 2,60 km² |
 Parque Estadual da Pedra da Boca | parque estadual | Araruna | 2,58 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Joquim da Cabonha apa I e apa II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cachoeira | 2,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Contendas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,30 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Panema | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Sebastião do Passé | 2,16 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Retiro Branco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ambientalista Francy Nunes | Reserva Particular do Patrimônio Natural | General Sampaio | 2 km² |
| Parque Estadual Mata do Xem-Xém | parque estadual | Bayeux | 1,79 km² |
 Parque Estadual Matas do Segredo | parque estadual | Campo Grande | 1,77 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Malhada Alta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 1,58 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata Samuel de Paula | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Lima | 1,48 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Amadeu Botelho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaú | 1,43 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Água Bonita | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Abreulândia | 1,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Piabas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Queimadas | 1,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cachoeira do Profeta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Planaltina | 1 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estância Manacá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ibicaraí | 0,95 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nossa Senhora do Oiteiro de Maracaípe | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ipojuca | 0,76 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Itapuã | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cidade Ocidental | 0,75 km² |
| Arie Dom Bosco | Área de Relevante Interesse Ecológico | Brasília | 0,73 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Dom Bosco | Área de Relevante Interesse Ecológico | distrito federal | 0,73 km² |
| Parque Natural Municipal Salto do Sucuriú | parque natural municipal | — | 0,71 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Tuffi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,57 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tunico Farias | Área de Proteção Ambiental | São Domingos do Prata | 0,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Córrego dos Bois | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Palmeiras | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Araucária | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Joaquim | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural da Bacia do Ribeirão Cocal | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Planaltina | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gralha Azul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gralha-Azul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Água Boa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cacoal | 0,48 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Campinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,43 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santuário Ecológico Amazônia Viva | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Branco | 0,38 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Santa Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Terezópolis de Goiás | 0,36 km² |
| Parque Natural Municipal Fonte da Saudade | parque natural | Rio de Janeiro | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Fim da Picada | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Claro | 0,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estância Jatobá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaguariúna | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nave da Esperança | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Aiuruoca | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Paraíso | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,26 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Águas de São João | Área de Relevante Interesse Ecológico | Goiás | 0,25 km² |
| Apa da Paisagem e do Areal da Praia do Pontal | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,24 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Paisagem e do Areal da Praia do Pontal | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda da Serra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,22 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural RPPN Sociedade Mineira de Cultura Nipo Brasileira | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,22 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Primavera | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Luiz do Paraitinga | 0,19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Minas Tênis Clube | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Segredo das Águas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Poté | 0,15 km² |
| Parque Estadual Massairo Okamura | parque estadual | Cuiabá | 0,12 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Aldeia Ekinox | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Macapá | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva dos Mananciais | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Dom Pedrito | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Vargem Alegre | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica da Mata Fria | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Chapada dos Guimarães | 0,10 km² |
| Parque Natural Municipal José Guilherme Merquior | parque natural | Rio de Janeiro | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Costa do Serro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Alegre | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Laço de Amor | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Manaus | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Alto da Conceição | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sumaúma | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barcarena | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra do Ibitipoca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sarandi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Toque Toque Pequeno | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Sebastião | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Pirilampo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ijaci | 0,02 km² |