| Estação Ecológica Alto Maués | Estação Ecológica | Maués | 6.668 km² |
 Parque Nacional Guaricana | parque nacional | Morretes | 493 km² |
| Parque Estadual Marinho Banco do Álvaro | parque estadual | Cururupu | 451 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Nascentes Geraizeiras | ecorregião | Montezuma | 382 km² |
| Parque Estadual Marinho Banco do Tarol | parque estadual | Cururupu | 342 km² |
 Parque Nacional da Serra do Gandarela | parque nacional | Itabirito | 313 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Puranga Conquista | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Manaus | 292 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mestre Lucindo | Reserva Extrativista | Marapanim | 265 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mestre Lucindo | Reserva Extrativista Marinha | Pará | 265 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mocapajuba | Reserva Extrativista | São Caetano de Odivelas | 210 km² |
 Parque Natural Municipal de Niterói | parque natural | Niterói | 162 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mocapajuba | Reserva Extrativista Marinha | Pará | 162 km² |
| Parque Estadual Serra do Areal | parque estadual | Petrolina | 136 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Cuinarana | Reserva Extrativista | Magalhães Barata | 110 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Banhado do Maçarico | refúgio de vida silvestre | Rio Grande | 62,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Raposo | Área de Proteção Ambiental | Itaperuna | 61,6 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Complexo Serra da Farofa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Painel | 52,5 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Riacho Pontal | refúgio de vida silvestre | Pernambuco | 48,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedreira da Prata | Área de Proteção Ambiental | Carmo | 44,4 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Matas de Siriji | refúgio de vida silvestre | São Vicente Férrer | 34,8 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Belém | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 29,8 km² |
| Parque Estadual do João Leite-Pejol | parque estadual | Goiás | 28,3 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre do Macuco | refúgio de vida silvestre | — | 15,6 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Ipojuca-Merepe | Área de Relevante Interesse Ecológico | Ipojuca | 14,7 km² |
 Monumento Natural Municipal da Galheta | monumento natural | Florianópolis | 12,7 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Cedro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alagoas | 9,75 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Usina | Área de Proteção Ambiental | — | 8,58 km² |
 Monumento Natural Pedra do Cachorro | monumento natural | Brejo da Madre de Deus | 8,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural do Jequitibá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Entre Rios | 6,15 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nascentes da Zona Rural | Área de Proteção Ambiental | Olinda | 5,93 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fernandes I, II e III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prado | 5,89 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natura Botujuru-serra do Itapety | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 4,44 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Botujuru-Serra do Itapety | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 4,37 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Livramento | Área de Proteção Ambiental | — | 4,22 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico das Águas Emendadas dos Inhamuns | Área de Relevante Interesse Ecológico | Independência | 4,07 km² |
| Parque Municipal Natural Mozart Rocha Loures | parque natural municipal | — | 3,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra das Almas de Rio de Contas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Contas | 2,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Travessia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Lavrinhas | 2,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serrinha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 2,45 km² |
| Parque Natural Municipal Felisberto Neves | parque natural | Betim | 2,19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Doutor Norberto Custódio Ferreira | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santana de Cataguases | 2,17 km² |
 Refúgio de Vida Silvestre Mata do Buraquinho | refúgio de vida silvestre | João Pessoa | 1,78 km² |
| Parque Natural Municipal do Pampa | parque natural | Bagé | 1,52 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre São Pedro | refúgio de vida silvestre | — | 1,47 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Antenor Rival Crema | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bocaiúva do Sul | 1,33 km² |
| Parque Natural Municipal Parque Florestal de Sinop | parque natural | Sinop | 1,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Campos Novos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Carira | 1,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Volta do Rio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Contas | 1,02 km² |
| Parque Natural Municipal Monte Azul | parque natural municipal | — | 0,96 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cambraia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Monte Alegre de Minas | 0,95 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Albert Scharle | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Sabará | 0,94 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Natura Cerrada | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Contas | 0,91 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Matas de Água Azul | refúgio de vida silvestre | Timbaúba | 0,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda do Cahy | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prado | 0,83 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Felix | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,81 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Recanto Zen Franciscano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,72 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Angico | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Passos | 0,71 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Capoeira do Boi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uberaba | 0,71 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Prima Luna I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Trento | 0,70 km² |
| Parque Natural Municipal Morro da Torre Onça Feliz | parque natural municipal | — | 0,56 km² |
| Parque Natural Municipal Bosque da Nascente do Rio Jiquiriçá | parque natural | Maracás | 0,54 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rica Paulo de Frontin | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Engenheiro Paulo de Frontin | 0,46 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ave Natura | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,44 km² |
| Estação Ecológica Curral do Meio | Estação Ecológica | Santana do Ipanema | 0,41 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Natura Mater | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Contas | 0,41 km² |
| Parque Natural Municipal de Itaperuna | parque natural | Itaperuna | 0,40 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ecovive - Estância Ecológica Viva Verde | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Poté | 0,39 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Cuinarana | Reserva Extrativista Marinha | Pará | 0,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Lembrança II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Seguro | 0,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Guigo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Catu | 0,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sitio Cachoeira | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,36 km² |
| Parque Natural Municipal da Mata | parque natural municipal | — | 0,34 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre do Quilombo | refúgio de vida silvestre | — | 0,31 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre Riacho Pontal | refúgio de vida silvestre | Pernambuco | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Córrego Acima | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Velha / Verdever | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Regina | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Petrópolis | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Areião | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Samuel Nobre | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Morada Nova | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santuário das Pedras | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São João d'Aliança | 0,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale Verde | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Hinayana | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mogi das Cruzes | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Valério Cardoso Furtado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porciúncula | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pinheirinho 23 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Bento do Sul | 0,22 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual das Cascatas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Vidal Ramos | 0,21 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sitio Boa Vista | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural RPPN do Benendito | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Gravatá | 0,19 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre do Sagui da Serra Escuro | refúgio de vida silvestre | Itaperuna | 0,18 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jacutinga | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Petrópolis | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Morada dos Macacos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,14 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Brumadinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,12 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sitio Mata da Cruz | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,12 km² |
| Monumento Natural Municipal da Cachoeira da Maravilha | monumento natural | Paty do Alferes | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Araçá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Crato | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Terra Una | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural RPPN Portal Sul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale Verdejante | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ubarana | 0,06 km² |
| Parque Natural Municipal Ribeirão da Prata | parque natural | Posse | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Carimbado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Tomé das Letras | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rancho de Luar | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guarujá do Sul | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale do Cantassurí | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itacaré | 0,05 km² |
| Parque Estadual do João Leite | parque estadual | Goiás | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio São Pedro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Janeiro | 0,02 km² |
| Parque Natural Municipal de Saudade | parque natural municipal | — | 0,01 km² |