| Parque Nacional do Acari | parque nacional | Borba | 8.964 km² |
| Floresta Nacional do Aripuanã | Floresta Nacional | Apuí | 7.513 km² |
| Floresta Nacional de Urupadi | Floresta Nacional | Maués | 5.380 km² |
| Reserva Biológica do Manicoré | Reserva Biológica | Novo Aripuanã | 3.591 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Campos de Manicoré | Área de Proteção Ambiental | Manicoré | 1.524 km² |
 Refúgio de Vida Silvestre do Arquipélago de Alcatrazes | refúgio de vida silvestre | São Sebastião | 675 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Vitória de Souzel | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Senador José Porfírio | 230 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Tabuleiro do Embaubal | refúgio de vida silvestre | Senador José Porfírio | 217 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Estadual do Médio Paraíba | refúgio de vida silvestre | Valença | 111 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Campo das Mangabas | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Maracanã | 70,5 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Morro Ferrabraz | Área de Relevante Interesse Ecológico | Sapiranga | 57,6 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Tabuleiro do Embaubal | reserva florestal | Senador José Porfírio | 40,3 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cisalpina | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Brasilândia | 38,6 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Flor do Cerrado III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alto Paraíso de Goiás | 26,2 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Lago Mole | refúgio de vida silvestre | Juruti | 6,53 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Flor do Cerrado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alto Paraíso de Goiás | 4,44 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Flor do Cerrado I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Goiás | 4,44 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Stanislas Pryl/Mico-Leão-Da-Cara-Dourada | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Una | 4,19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Passarinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bandeira | 3,46 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Padre Sérgio Tonetto | reserva florestal | Maracanã | 3,39 km² |
| Parque Natural Municipal Mozart Rocha Loures | parque natural municipal | Paraná | 3,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Lagoa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,92 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Onça Parda | refúgio de vida silvestre | — | 2,67 km² |
| Área de Proteção Ambiental Normandia | Área de Proteção Ambiental | — | 2,65 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Córrego Lucas | Área de Proteção Ambiental | Lucas do Rio Verde | 2,35 km² |
 Parque Natural Municipal Lagoa do Jacaré das Dunas do Santinho | parque natural | Florianópolis | 2,21 km² |
| Parque Natural Municipal Fazenda Santa Maria | parque natural municipal | Espírito Santo | 2,11 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Usipa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Córrego do Sítio I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Bárbara | 1,80 km² |
| Parque Natural Municipal do Poxim | parque natural | Aracaju | 1,73 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dunas Douradas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Grande do Norte | 1,66 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Arco Verde | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maracás | 1,53 km² |
| Parque Natural Municipal de Japeri | parque natural municipal | — | 1,49 km² |
| Monumento Natural Estadual Lapa Nova de Vazante | monumento natural | Minas Gerais | 1,41 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale Ouro | Área de Proteção Ambiental | Queimados | 1,39 km² |
| Monumento Natural das Lagoas | monumento natural | Mato Grosso do Sul | 1,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Caburé | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São José do Barreiro | 1,14 km² |
| Parque Natural Municipal dos Morros | parque natural | Santa Maria | 1,07 km² |
| Parque Natural Municipal do Córrego Lucas | parque natural municipal | Mato Grosso | 1,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vilar | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaguariaíva | 1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Cataguás | Área de Proteção Ambiental | Contagem | 0,99 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Fernão Dias | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 0,99 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Irara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,96 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Juerana Milagrosa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Uruçuca | 0,94 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural das Dunas Douradas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Grande do Norte | 0,90 km² |
| Parque Natural Municipal de Bicanga | parque natural municipal | Espírito Santo | 0,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Barro Branco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Espírito Santo | 0,76 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre das Capivaras | refúgio de vida silvestre | — | 0,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serro Azul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Agrestina | 0,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Flor do Cerrado II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Goiás | 0,74 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jorge Luiz Orsi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Trento | 0,74 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rio Vermelho (Sc) | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,74 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Estadual da Lagoa da Turfeira | refúgio de vida silvestre | Resende | 0,63 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Padre Sérgio Tonetto | refúgio de vida silvestre | Maracanã | 0,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cachoeira do Curiango | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dois Irmãos: Claudio Murilo Belletti Rodrigues | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pedra da Lajinha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Afonso Cláudio | 0,52 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Oasis Araripe | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Crato | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Olho D' Água do Tronco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Olho D'água do Tronco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ceará | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Ana I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itacaré | 0,45 km² |
| Parque Natural Municipal de Andaraí Rota das Cachoeiras | parque natural | Andaraí | 0,44 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Três Morenas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Seguro | 0,35 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga do Barreto | parque natural | Macaé | 0,33 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Universidade de Passo Fundo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Passo Fundo | 0,32 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Peito de Pomba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Macaé | 0,31 km² |
| Floresta Estadual José Zago | floresta etadual | — | 0,29 km² |
| Floresta Estadual José Zago | floresta estadual | Rio de Janeiro | 0,29 km² |
| Parque Municipal Natural Tamarino de Ávila e Silva | parque natural municipal | — | 0,29 km² |
| Parque Natural Municipal Horto dos Quatis | parque natural municipal | — | 0,29 km² |
| Parque Natural Municipal Tamarino de Ávila e Silva | parque natural municipal | Paraná | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Espinita | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Igrapiúna | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Raso do Mandi II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaiópolis | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Santo André | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,26 km² |
| Área de Proteção Ambiental Trizidela de Uso Sustentável | Área de Proteção Ambiental | Codó | 0,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Chico Bimbino | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Crateús | 0,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gruta do Éden | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,24 km² |
| Estação Ecológica do Madeira | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,23 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Toca dos Ossos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ourolândia | 0,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Boa Fé | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Afonso Cláudio | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dutra Pimenta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Afonso Cláudio | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Cacique | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rildo de Oliveira Gomes I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Teresópolis | 0,13 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dois Irmãos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,12 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Ana II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itacaré | 0,10 km² |
| Estação Ecológica Bráulio Guedes da Silva | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cotinga-Crejoá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Una | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Vitória Primavera | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Jardim das Colinas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Leoberto Leal | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Tetê I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Tetê II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata do Tetê III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Boa Vista I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pedra Sobre Pedra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Campo Magro | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Regina Clara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Petrópolis | 0,06 km² |
| Parque Natural Municipal Cachoeira do Caiado | parque natural municipal | Espírito Santo | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal Flor do Ipê | parque natural municipal | Mato Grosso | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Alto Gururu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alfredo Chaves | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natarual Uruçu Capixaba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Uruçu Capixaba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Espírito Santo | 0,04 km² |
| Estação Ecológica das Capivaras, Categoria de Proteção Integral | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Elias | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ecolife | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Viçosa | 0,01 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico das Maritacas | Área de Relevante Interesse Ecológico | Japeri | 0,01 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Citrópolis | Área de Relevante Interesse Ecológico | Japeri | 0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Vale da Avenida Assis Valente e do Parque em Rede Pedra de Xangô | Área de Proteção Ambiental | Salvador | — |