 Parque Estadual do Cocó | parque estadual | Maracanaú | 2.299 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Altos Cursos dos Rios Gurgueia e Uruçuí-vermelho | Área de Proteção Ambiental | Gilbués | 1.199 km² |
| Parque Nacional dos Campos Ferruginosos | parque nacional | Canaã dos Carajás | 791 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Uruçuí-preto | Área de Proteção Ambiental | Monte Alegre do Piauí | 601 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi do Município de Japora-MS | Área de Proteção Ambiental | Mato Grosso do Sul | 417 km² |
| Parque Estadual do Rangel | parque estadual | Curimatá | 386 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Canindé | Área de Proteção Ambiental | Acauã | 228 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Longá | Área de Proteção Ambiental | Alto Longá | 115 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Limoeiro | Área de Proteção Ambiental | Cumari | 106 km² |
| Parque Estadual das Trilhas | parque estadual | João Pessoa | 100 km² |
| Estação Ecológica Chapada de Nova Roma | Estação Ecológica | Nova Roma | 69,3 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Estadual da Serra da Estrela | refúgio de vida silvestre | Magé | 48,1 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre de Santa Fé | refúgio de vida silvestre | Cachoeiras de Macacu | 31,7 km² |
 Monumento Natural Estadual da Serra da Beleza | monumento natural | Valença | 31,6 km² |
 Estação Ecológica Veredas de Taquarussu | Estação Ecológica | Mato Grosso do Sul | 30,4 km² |
| Área de Preservação Ambiental do Córrego da Lagoa | Área de Proteção Ambiental | Ouvidor | 18,1 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Águia Branca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Vargem Alta | 17,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Carapeba Boa | Área de Proteção Ambiental | Carapebus | 15,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fábrica | Área de Proteção Ambiental | — | 15,5 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Monte Alegre (Alírio Braz) | refúgio de vida silvestre | Itaperuna | 13,5 km² |
| Monumento Natural Municipal da Floresta | monumento natural | Itaperuna | 12,7 km² |
| Parque Natural Municipal Serra de São Miguel | parque natural | Biguaçu | 12,3 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga de Praia do Forte | parque natural municipal | Rio de Janeiro | 10,7 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santo Antônio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio de Janeiro | 10,3 km² |
| Monumento Natural Estadual Serra dos Mascates | monumento natural | Valença | 6,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Eustáquio Toledo Neto | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Marechal Deodoro | 6,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dubinha Guimarães | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Campo Alegre | 6,30 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Benedito Coutinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jequiá da Praia | 6,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Limoeiro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Esplanada | 4,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Antônio Coutinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jequiá da Praia | 4,73 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Raiz | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 4,53 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa Grande | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 4,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Diamante | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 3,69 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Júlia Silveira Coutinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jequiá da Praia | 3,64 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Guanabara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santana do Mundaú | 3,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Quebra Carro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alagoas | 3,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Alfredo Elias da Rosa Oiticica | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Largo | 2,63 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre da Serra da Estrela | refúgio de vida silvestre | Rio de Janeiro | 2,53 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Garabu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Luís do Quitunde | 2,25 km² |
| Monumento Natural Municipal Bico-doce | monumento natural | Queimados | 2,13 km² |
| Monumento Natural Municipal São Simão | monumento natural | Carapebus | 2,11 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre - Fazenda São Lázaro | refúgio de vida silvestre | Carapebus | 1,97 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Serra Bonita de Adelandia | Área de Relevante Interesse Ecológico | Adelândia | 1,97 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva da Serra Azul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 1,74 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Komodo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 1,70 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Rio Bonito de Lumiar | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 1,58 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Prefeito Jorge Assis de Oliveira (Mata dos Macacos) | refúgio de vida silvestre | Bom Jesus do Itabapoana | 1,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sede Campestre Adufg Sindicato | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 1,34 km² |
| Parque Natural Municipal da Mata Atlântica | parque natural | Angra dos Reis | 1,19 km² |
| Parque Natural Municipal Vale do Esperança | parque natural | Terra Nova do Norte | 1,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Tarcizo Toledo Carnaúba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Miguel dos Campos | 1,10 km² |
| Parque Estadual Zoobotânico | parque estadual | Teresina | 1,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Papagaio de Peito Roxo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paraná | 1 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Papagaio-de-peito-roxo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paraná | 1 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Saudade | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,86 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre Municipal Andre Ruschi | refúgio de vida silvestre | Vitória | 0,82 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga de Carapebus | parque natural | Carapebus | 0,81 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estrela da Manhã | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Dom Bosco | 0,80 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Saint Michel 1 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,78 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Sebastião I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,76 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Anhumas I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | União dos Palmares | 0,72 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Vale Verde | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,71 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Boca do Rio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,66 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Luiz Joaquim Barbosa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Marechal Deodoro | 0,62 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sorriso Metálico | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,58 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Grande | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Desidério | 0,53 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Sebastião II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,51 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Dois Imãos: Emilio Sergio Belletti Rodrigues | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pindoba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vila D'Água | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Murici | 0,46 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Salvador Lyra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Miguel dos Campos | 0,45 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jacuaçu | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Extrema | 0,43 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Anhumas III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | União dos Palmares | 0,40 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Olho D'água | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alagoas | 0,39 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mato Grosso | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Taperoá | 0,37 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Mato Grosso | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Taperoá | 0,37 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Lafigueira Naturarte | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Piracaia | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Engenho Novo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,33 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica de Guapiaçu 3 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cachoeiras de Macacu | 0,32 km² |
| Parque Estadual do Cânion do Rio Poti | parque estadual | Buriti dos Montes | 0,25 km² |
| Parque Natural Municipal das Timbaúbas | parque natural | Juazeiro do Norte | 0,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Córrego Fundo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural das Nascentes | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,23 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre de Colíder | refúgio de vida silvestre | Colíder | 0,18 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Capão das Éguas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prudente de Morais | 0,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Cristina | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,16 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale do Tamanduá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,15 km² |
| Área de Proteção Ambiental Prefeito João Mendes Olímpio | Área de Proteção Ambiental | Teresina | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Reserva Ambiental S. Santos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Trento | 0,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Centenário de Balsas | Área de Proteção Ambiental | Balsas | 0,13 km² |
| Parque Natural Municipal Colonizador Jose Bianchini | parque natural | Marcelândia | 0,12 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural das Águas e das Matas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda das Águas e das Matas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Guaribus | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaguaçu | 0,11 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Cachoeira das Pedras | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santo Antônio do Grama | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Caete | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Limírio Figueiredo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Caete | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nazaré Paulista | 0,07 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Uso Sustentável, Sucupira | Área de Proteção Ambiental | Timon | 0,07 km² |
| Parque Natural Municipal Dujardes Caldeira | parque natural | Unaí | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jardim dos Beija-Flores | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paulo Lopes | 0,06 km² |
| Parque Natural Municipal Engenho Sao Jorge dos Erasmos | parque natural municipal | — | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal Engenho São Jorge dos Erasmos | parque natural municipal | São Paulo | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal Riacho Estrela | parque natural | Anapurus | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fortuna | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Saint Michel 2 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale das Águas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Vargem Alta | 0,05 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Lago dos Buritis | Área de Relevante Interesse Ecológico | Goiatuba | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal Bosque Centenario | parque natural municipal | Minas Gerais | 0,04 km² |
| Parque Natural Municipal Senhorinha Lemos do Prado | parque natural | Unaí | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Lapa da Orelha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rppn Cantagalo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Paty do Alferes | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reluz | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Marechal Floriano | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Saint Michel 3 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de São Miguel | 0,02 km² |
 Área de Proteção e Recuperação dos Mananciais do Alto Cotia | Área de Proteção e Recuperação dos Mananciais | São Paulo | — |