 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de Trindade e Martim Vaz | Área de Proteção Ambiental | — | 403.847 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | Área de Proteção Ambiental | Natal | 384.127 km² |
| Monumento Natural das Ilhas de Trindade e Martim Vaz e do Monte Colúmbia | monumento natural | — | 67.681 km² |
 Monumento Natural das Ilhas de Trindade, Martim Vaz e do Monte Columbia | monumento natural | Vitória | 67.680 km² |
| Monumento Natural do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | monumento natural | Pernambuco | 47.192 km² |
| Reserva Extrativista Baixo Rio Branco Jauaperi | Reserva Extrativista | Amazonas | 5.806 km² |
| Reserva Extrativista Baixo Rio Branco-jauaperi | Reserva Extrativista | — | 5.806 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Onça | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 5.057 km² |
| Parque Nacional do Boqueirão da Onça | parque nacional | Juazeiro | 3.469 km² |
| Reserva Extrativista da Baía do Tubarão | Reserva Extrativista | Icatu | 2.239 km² |
| Reserva Extrativista Arapiranga-Tromaí | Reserva Extrativista | Luís Domingues | 1.869 km² |
| Estação Ecológica Soldado da Borracha | Estação Ecológica | Porto Velho | 1.791 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Pardo | Área de Proteção Ambiental | Porto Velho | 1.138 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Ararinha Azul | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 906 km² |
| Parque Estadual Ilha das Flores | parque estadual | Alta Floresta d'Oeste | 898 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha Recifes Serrambi | Área de Proteção Ambiental | Ipojuca | 829 km² |
| Estação Ecológica Umírizal | Estação Ecológica | Porto Velho | 575 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Araguaia, Córrego Rico, Couto Magalhães e Rio Araguainha, | Área de Proteção Ambiental | Alto Araguaia | 488 km² |
| Área de Proteção Ambiental Naufrágio Queimado | Área de Proteção Ambiental | João Pessoa | 423 km² |
| Floresta Estadual do Rio Pardo | floresta estadual | Rondônia | 308 km² |
| Área de Proteção Ambiental Uruana de Minas | Área de Proteção Ambiental | Uruana de Minas | 300 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre da Ararinha Azul | refúgio de vida silvestre | Bahia | 292 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre da Ararinha Azul | refúgio de vida silvestre | — | 292 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre da Ventania | refúgio de vida silvestre | Miracema | 275 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Serra Grande | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Costa Marques | 232 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Limoeiro | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | São Francisco do Guaporé | 188 km² |
| Área de Proteção Ambiental Dunas do Rosado | Área de Proteção Ambiental | — | 166 km² |
| Reserva Extrativista Itapetininga | Reserva Extrativista | Bequimão | 163 km² |
| Área de Proteção Ambiental Panamá | Área de Proteção Ambiental | Panamá | 159 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ribeirão Claro, Água Emendada, Paraíso e Rio Araguainha | Área de Proteção Ambiental | Alto Araguaia | 155 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tanquã-Rio Piracicaba | Área de Proteção Ambiental | Botucatu | 140 km² |
| Reserva de Fauna Pau D'oleo | Reserva de fauna | São Francisco do Guaporé | 105 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Serras do Mato Grosso - Tingui - Castelhañas | Área de Proteção Ambiental | Saquarema | 98,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Barreiro Rico | Área de Proteção Ambiental | Anhembi | 96,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córregos Gordura e Boiadeiro | Área de Proteção Ambiental | Alto Araguaia | 92,2 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Rio Machado | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Porto Velho | 92,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Nova | Área de Proteção Ambiental | Fazenda Nova | 71,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Rio Manso | Área de Proteção Ambiental | Divinópolis de Goiás | 52,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Itapeti | Área de Proteção Ambiental | Mogi das Cruzes | 51,4 km² |
| Parque Estadual Serra Negra da Mantiqueira | parque estadual | Rio Preto | 42,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Itaoca | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 30,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Minaçu | Área de Proteção Ambiental | Minaçu | 24,2 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Leopoldo Magno Coutinho | Área de Relevante Interesse Ecológico | Agudos | 23,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Primavera | Área de Proteção Ambiental | Santa Bárbara de Goiás | 21,2 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Aimorés | refúgio de vida silvestre | Pederneiras | 17,2 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Bom Jardim | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Porto Velho | 16,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Fanha | Área de Proteção Ambiental | Alto Horizonte | 15,8 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre do Rio Sucuriú-costa Rica | refúgio de vida silvestre | Costa Rica | 13,5 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Serra do Imburi | refúgio de vida silvestre | Cardoso Moreira | 10,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Piracanjubinha | Área de Proteção Ambiental | Gameleira de Goiás | 9,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Conceição Lyra III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Penedo | 8,44 km² |
| Monumento Natural Municipal da Pedra Bonita | monumento natural | Santo Antônio de Pádua | 8,40 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Corrego Capao Grande | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 8 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Trapiche | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Sirinhaém | 7,68 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal das Fontes | Área de Proteção Ambiental | Queimados | 6,75 km² |
| Parque Estadual de Botumirim | parque estadual | Botumirim | 5,71 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Gaia | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 5,30 km² |
| Parque Natural Municipal Claudino Francio | parque natural | Sorriso | 5,09 km² |
| Área de Proteção Ambiental Palmelo | Área de Proteção Ambiental | Palmelo | 4,51 km² |
| Monumento Natural Municipal da Serra da Prata | monumento natural | Santo Antônio de Pádua | 4,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Senador Carlos Lyra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Flexeiras | 3,96 km² |
| Floresta Estadual do Noroeste Paulista | floresta etadual | — | 3,93 km² |
| Floresta Estadual do Noroeste Paulista | floresta estadual | São Paulo | 3,93 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Iracema Valente Franco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Corumbá de Goiás | 3,71 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gigante do Itaguaré | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cruzeiro | 3,58 km² |
| Área de Proteção Ambiental Baía das Tartarugas | Área de Proteção Ambiental | Vitória | 3,42 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sossego do Muriqui | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 3,39 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Prof. Yara C. Nicoletti | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Vargem Bonita | 2,85 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Volta Velha - Pe. Piet Van Der Aart | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 2,85 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Volta Velha - Pe Piet Van Der Aart | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 2,85 km² |
| Parque Natural Municipal Jardim Botânico | parque natural | Sinop | 2,78 km² |
 Monumento Natural Atalaia | monumento natural | Salinópolis | 2,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pedra do São José II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Esplanada | 2,33 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Fonseca - Irmã Heloísa e Maurício Holanda | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Quixadá | 2,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Wilson Crepaldi | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,20 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Palmares - Rvs Palmares | refúgio de vida silvestre | Paty do Alferes | 2,04 km² |
| Parque Natural Municipal do Livramento | parque natural | Carmo | 1,93 km² |
| Parque Natural Municipal do Maciço da Costeira | parque natural | Florianópolis | 1,93 km² |
| Parque Natural Municipal Vale do Itaim | parque natural | Taubaté | 1,90 km² |
 Parque Estadual Águas da Billings | parque estadual | São Bernardo do Campo | 1,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Contendas II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 1,73 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sereno | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Calvo | 1,66 km² |
| Parque Estadual Abaitará | parque estadual | Pimenta Bueno | 1,52 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Municipal Aroeira do Riacho | Área de Relevante Interesse Ecológico | Espírito Santo | 1,51 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Municipal Aroeiras do Riacho | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 1,51 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Riacho Seco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Coruripe | 1,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Eldorado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Saquarema | 1,40 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Oricana | refúgio de vida silvestre | — | 1,35 km² |
 Parque Natural Municipal Paleontológico de São José de Itaboraí | jazida paleontológica | Itaboraí | 1,25 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Apolinário | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra de Santo Antônio | 1,19 km² |
| Parque Natural Municipal Apido Paru | parque natural municipal | Mato Grosso | 1,17 km² |
| Área de Proteção Ambiental Inaciolândia | Área de Proteção Ambiental | Inaciolândia | 1,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Macaúbas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 1,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Conceição Lyra II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Penedo | 0,98 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mutum-De-Bico-Vermelho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Piraí do Norte | 0,97 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Conceição Lyra Iv | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Penedo | 0,95 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Estâncias de Pendotiba | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 0,93 km² |
| Monumento Natural Municipal Pedra São Joaquim | monumento natural | Cardoso Moreira | 0,88 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Macuquinho-Baiano | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ituberá | 0,78 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Lagoa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guaramiranga | 0,70 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Trápaga | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Miguel Arcanjo | 0,70 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Macacos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,64 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vargem Formosa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jequitibá | 0,63 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Mata das Perobas Tim Ferreira | Área de Relevante Interesse Ecológico | Goiandira | 0,59 km² |
 Monumento Natural Península da Siribinha | monumento natural | Conde | 0,58 km² |
| Parque Natural Municipal de Bom Jardim | parque natural | Bom Jardim | 0,58 km² |
| Parque Natural Municipal das Capivaras | parque natural municipal | Mato Grosso do Sul | 0,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Porto do Ifé | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Colômbia | 0,54 km² |
| Parque Natural Municipal Armando Rosa | parque natural municipal | — | 0,51 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ilan | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Angra dos Reis | 0,51 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra Bonita Iv | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Camacan | 0,51 km² |
| Parque Estadual da Mata do Krambeck | parque estadual | São Paulo | 0,50 km² |
 Parque Estadual Águas da Prata | parque estadual | Águas da Prata | 0,50 km² |
| Parque Natural Municipal Eli Bastos | parque natural | Orizona | 0,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Conceição Lyra I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Penedo | 0,44 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva dos Muriquis | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Paulo | 0,44 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Monte da Fé | Área de Proteção Ambiental | Queimados | 0,44 km² |
| Estação Ecológica Municipal Guarani | Estação Ecológica | Ribeirão Preto | 0,42 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Periquito Cara-Suja | refúgio de vida silvestre | Guaramiranga | 0,39 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Papagaio-De-Altitude | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Papagaios-de-altitude | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 0,36 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual Parque das Araucárias | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Negrinho | 0,35 km² |
| Parque Natural Municipal do Acaraú | parque natural municipal | — | 0,34 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre Municipal da Mata Paludosa | refúgio de vida silvestre | Vitória | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra Negra do Funil | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,29 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Lendas do Coió | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,27 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Pastos dos Bois e Pedregulhos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Teresópolis | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ave Lavrinha I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bocaina de Minas | 0,23 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Tabaroa | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,22 km² |
| Parque Natural Muncipal Paulo Viriato Correa da Costa | parque natural municipal | — | 0,21 km² |
| Parque Natural Municipal Paulo Viriato Correa da Costa | parque natural | Cláudia | 0,21 km² |
| Parque Natural Municipal da Pedreira da Estrada de Ferro | parque natural | Caldazinha | 0,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Floresta Encantada | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itacaré | 0,19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Yogo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaguaripe | 0,17 km² |
| Parque Natural Municipal da Divisa | parque natural municipal | Espírito Santo | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Jacuruna | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaguaripe | 0,13 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Cambeba | Área de Relevante Interesse Ecológico | Fortaleza | 0,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra Bonita V | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 0,10 km² |
 Parque Natural Municipal da Lagoinha do Leste | parque natural municipal | Florianópolis | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Recanto dos Pássaros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Serra do Luar | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Caém | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Preguiça-De-Coleira | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,08 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Brava Beach Internacional | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itajaí | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Bugios da Boa Esperança | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Miracema | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Estadual João Heyse Sobrinho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mafra | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Candeal do Vale | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Armil | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Mamede | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal de Castanhal/Pará | ecoturismo | Castanhal | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Benjamim Vicente Pereira | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Estiva | 0,04 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Casa do Sol | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cachoeira do Andorinhão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cambuí | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ganesha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Terra Que Brilha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jacobina | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Bárbara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Caxias do Sul | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Solar da Montanha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Atibaia | 0,01 km² |