 Parque Estadual Lagamar de Cananeia | parque estadual | Jacupiranga | 407 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra Dona Francisca | Área de Proteção Ambiental | Joinville | 405 km² |
| Apa Quebra-pé | Área de Proteção Ambiental | Monjolos | 402 km² |
 Parque Estadual Caverna do Diabo | parque estadual | Eldorado | 402 km² |
 Parque Estadual Carlos Botelho | parque estadual | São Miguel Arcanjo | 401 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Arai-Peroba | Reserva Extrativista Marinha | Pará | 399 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio da Casca | Área de Proteção Ambiental | — | 399 km² |
 Floresta Nacional do Araripe-Apodi | Floresta Nacional | Santana do Cariri | 389 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sapucaí Mirim | Área de Proteção Ambiental | Santo Antônio do Pinhal | 388 km² |
| Parque Estadual do Rangel | parque estadual | Curimatá | 386 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Estância Ecológica Sesc - Pantanal | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barão de Melgaço | 384 km² |
 Reserva Biológica Morro dos Seis Lagos | Reserva Biológica | São Gabriel da Cachoeira | 383 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Nascentes Geraizeiras | ecorregião | Montezuma | 382 km² |
| Parque Estadual Cunhambebe | parque estadual | Mangaratiba | 381 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba | Área de Proteção Ambiental | Itabira | 380 km² |
 Área de Proteção Ambiental Carste de Lagoa Santa | Área de Proteção Ambiental | Funilândia | 377 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cabreuva | Área de Proteção Ambiental | Itu | 370 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra Dourada | Área de Proteção Ambiental | Mossâmedes | 370 km² |
 Parque Nacional da Lagoa do Peixe | parque nacional | Tavares | 367 km² |
 Parque Estadual do Morro do Diabo | parque estadual | Teodoro Sampaio | 366 km² |
| Parque Estadual Serra dos Reis | parque estadual | Costa Marques | 364 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Ilhas de Tinharé e Boipeba | Área de Proteção Ambiental | — | 362 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Mananciais do Córrego Guariroba - Apa do Guariroba | Área de Proteção Ambiental | Campo Grande | 362 km² |
 Parque Estadual do Rio Doce | parque estadual | Marliéria | 359 km² |
 Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira | parque estadual | Iporanga | 359 km² |
| Área de Proteção Ambiental Urubuí | Área de Proteção Ambiental | Presidente Figueiredo | 356 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jubran | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cáceres | 355 km² |
| Parque Estadual de Corumbiara | parque estadual | Cerejeiras | 353 km² |
 Reserva Biológica Atol das Rocas | Reserva Biológica | Rio Grande do Norte | 352 km² |
| Reserva Biológica do Atol das Rocas | Reserva Biológica | — | 352 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Macaé de Cima | Área de Proteção Ambiental | Nova Friburgo | 350 km² |
| Área de Proteção Ambiental Alto Piraí - Apa Alto Piraí | Área de Proteção Ambiental | Rio Claro | 343 km² |
| Parque Estadual Marinho Banco do Tarol | parque estadual | Cururupu | 342 km² |
| Reserva Biológica Bom Jesus | Reserva Biológica | Antonina | 342 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santo Antônio | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 334 km² |
 Parque Nacional da Chapada dos Guimarães | parque nacional | Cuiabá | 330 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baleia Franca | Área de Proteção Ambiental | Balneário Rincão | 330 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cairuçu | Área de Proteção Ambiental | Paraty | 326 km² |
| Monumento Natural das Árvores Fossilizadas do Estado do Tocantins | monumento natural | Filadélfia | 325 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Onças | Área de Proteção Ambiental | São João do Tigre | 319 km² |
 Parque Nacional de Caparaó | parque nacional | Dores do Rio Preto | 318 km² |
 Área de Proteção Ambiental Aldeia-Beberibe | Área de Proteção Ambiental | Araçoiaba | 317 km² |
 Parque Nacional da Serra do Cipó | parque nacional | Itambé do Mato Dentro | 316 km² |
 Parque Nacional da Serra do Gandarela | parque nacional | Itabirito | 313 km² |
| Parque Estadual Veredas do Peruaçu | parque estadual | Cônego Marinho | 312 km² |
| Parque Estadual Zé Bolo Flô | parque estadual | Cuiabá | 312 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tinharé / Boipeba | Área de Proteção Ambiental | Cairu | 311 km² |
| Floresta Estadual do Rio Pardo | floresta estadual | Rondônia | 308 km² |