| Área de Proteção Ambiental Paytuna | Área de Proteção Ambiental | Monte Alegre | 574 km² |
 Parque Estadual de Terra Ronca | parque estadual | São Domingos | 570 km² |
 Parque Nacional da Serra do Itajaí | parque nacional | Blumenau | 569 km² |
| Estação Ecológica de Maracá Jipioca | Estação Ecológica | Amapá | 566 km² |
 Área de Proteção Ambiental Águas Vertentes | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 566 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Córrego Ceroula - Apa do Ceroula | Área de Proteção Ambiental | Campo Grande | 565 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Albardão | Área de Proteção Ambiental | — | 560 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Tarumã Açu-Tarumã Mirima | Área de Proteção Ambiental | Novo Airão | 559 km² |
| Reserva Extrativista Ipaú-Anilzinho | Reserva Extrativista | Baião | 558 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rota do Sol | Área de Proteção Ambiental | Três Forquilhas | 524 km² |
 Parque Estadual do Morro do Chapéu | parque estadual | Morro do Chapéu | 519 km² |
| Reserva Extrativista Marinha do Arraial do Cabo | Reserva Extrativista | Cabo Frio | 518 km² |
 Reserva Extrativista Marinha Arraial do Cabo | Reserva Extrativista Marinha | Rio de Janeiro | 511 km² |
 Reserva Biológica da Mata Escura | Reserva Biológica | Almenara | 509 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Ouro | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 507 km² |
| Área de Proteção Ambiental Foz do Rio Santa Tereza | Área de Proteção Ambiental | Peixe | 501 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jundiaí | Área de Proteção Ambiental | Campo Limpo Paulista | 501 km² |
 Parque Nacional de São Joaquim | parque nacional | Bom Jardim da Serra | 493 km² |
 Parque Nacional Guaricana | parque nacional | Morretes | 493 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Araguaia, Córrego Rico, Couto Magalhães e Rio Araguainha, | Área de Proteção Ambiental | Alto Araguaia | 488 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado do Rio Madeira "b" | floresta etadual | — | 474 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado do Rio Madeira "B" | floresta estadual | Rondônia | 473 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Arquipelago de Santana | Área de Proteção Ambiental | Macaé | 473 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Pedra do Cavalo | Área de Proteção Ambiental | Cachoeira | 472 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Cafuringa | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 465 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra das Galés e da Portaria | Área de Proteção Ambiental | Paraúna | 463 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê-Jumirim | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Uberaba | Área de Proteção Ambiental | Uberaba | 455 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Foz do Rio Doce | Área de Proteção Ambiental | Aracruz | 454 km² |
| Parque Estadual Marinho Banco do Álvaro | parque estadual | Cururupu | 451 km² |
 Parque Estadual Marinho do Parcel de Manuel Luís | parque estadual | Cururupu | 451 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra Geral de Goiás | Área de Proteção Ambiental | São Domingos | 441 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guadalupe | Área de Proteção Ambiental | Sirinhaém | 439 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Litoral Sul | Área de Proteção Ambiental | Itaporanga d'Ajuda | 439 km² |
| Arie Paulo Nogueira Neto | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 431 km² |
 Parque Estadual Intervales | parque estadual | Ribeirão Grande | 429 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Caeté-taperaçu | Reserva Extrativista | Bragança | 425 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bonfim/Guaraíra | Área de Proteção Ambiental | Arez | 425 km² |
 Parque Nacional de Brasília | parque nacional | Brasília | 424 km² |
| Área de Proteção Ambiental Naufrágio Queimado | Área de Proteção Ambiental | João Pessoa | 423 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Descoberto | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Tabatinga | Área de Proteção Ambiental | Barreiras do Piauí | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi do Município de Japora-MS | Área de Proteção Ambiental | Mato Grosso do Sul | 417 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguaçu do Município de Japora | Área de Proteção Ambiental | Mato Grosso do Sul | 417 km² |
| Área de Proteção Ambiental Silveiras | Área de Proteção Ambiental | Silveiras | 415 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piquiri-Una | Área de Proteção Ambiental | Pedro Velho | 413 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Córregos dos Vales do Norte de Minas | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | — | 408 km² |