| Estação Ecológica do Rio Ronuro | Estação Ecológica | Nova Ubiratã | 1.027 km² |
| Reserva Extrativista Rio Preto-Jacundá | Reserva Extrativista | Machadinho d'Oeste | 1.014 km² |
| Reserva Extrativista de Canavieiras | Reserva Extrativista | Belmonte | 1.007 km² |
| Reserva Extrativista de Cassurubá | Reserva Extrativista | Caravelas | 1.006 km² |
 Parque Estadual do Cantão | parque estadual | Tocantins | 1.004 km² |
| Floresta Nacional de Bom Futuro | Floresta Nacional | Rondônia | 1.001 km² |
 Reserva Biológica do Tapirapé | Reserva Biológica | São Félix do Xingu | 993 km² |
| Floresta Nacional do Bom Futuro | Floresta Nacional | — | 984 km² |
| Estação Ecológica do Rio Roosevelt | Estação Ecológica | Colniza | 980 km² |
 Parque Estadual do Xingu | parque estadual | Santa Cruz do Xingu | 953 km² |
| Reserva Extrativista Mapuá | Reserva Extrativista | Porto de Moz | 938 km² |
 Área de Proteção Ambiental Itupararanga | Área de Proteção Ambiental | Votorantim | 936 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pratigi | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 934 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pratigi | Área de Proteção Ambiental | — | 931 km² |
| Apa do Rio Iguatemi | Área de Proteção Ambiental | — | 910 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Ararinha Azul | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 906 km² |
| Reserva Extrativista Marinha do Corumbau | Reserva Extrativista | — | 900 km² |
| Parque Estadual Ilha das Flores | parque estadual | Alta Floresta d'Oeste | 898 km² |
 Reserva Extrativista Corumbau | Reserva Extrativista | Bahia | 895 km² |
| Estação Ecológica Serra dos Três Irmãos | Estação Ecológica | Porto Velho | 890 km² |
 Parque Nacional Marinho dos Abrolhos | parque nacional | Caravelas | 880 km² |
| Reserva Extrativista do Batoque | Reserva Extrativista | Aquiraz | 870 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juqueri Mirim Área I | Área de Proteção Ambiental | Corumbataí | 870 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Quilombos de Barra do Turvo | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | São Paulo | 860 km² |
| Área de Proteção Ambiental Águas da Serra | Área de Proteção Ambiental | — | 855 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Sabonetal | Área de Proteção Ambiental | Jaíba | 854 km² |
 Parque Estadual da Serra do Tabuleiro | parque estadual | Palhoça | 839 km² |
| Reserva Extrativista Arióca Pruanã | Reserva Extrativista | Oeiras do Pará | 838 km² |
| Floresta Estadual Manicoré | floresta etadual | — | 835 km² |
| Floresta Estadual Manicoré | floresta estadual | Amazonas | 835 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha Recifes Serrambi | Área de Proteção Ambiental | Ipojuca | 829 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São Bartolomeu | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 827 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi | Área de Proteção Ambiental | Sete Quedas | 825 km² |
| Parque Estadual Tucumã | parque estadual | Colniza | 810 km² |
| Reserva Extrativista Pedras Negras | Reserva Extrativista | Alta Floresta d'Oeste | 806 km² |
| Parque Nacional dos Campos Ferruginosos | parque nacional | Canaã dos Carajás | 791 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Quelônios do Araguaia | refúgio de vida silvestre | Cocalinho | 789 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Serra do Cumaru | refúgio de vida silvestre | Pernambuco | 789 km² |
 Parque Nacional da Serra da Bodoquena | parque nacional | Bonito | 787 km² |
 Estação Ecológica Rio Acre | Estação Ecológica | Assis Brasil | 784 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa de Itaparica | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 781 km² |
| Parque Estadual Rio Negro Setor Sul | parque estadual | Novo Airão | 780 km² |
| Parque Estadual do Pantanal do Rio Negro | parque estadual | Corumbá | 779 km² |
| Reserva Extrativista do Lago do Cuniã | Reserva Extrativista | — | 764 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupa, Perimetro Botucatu | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 763 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual das Águas Vertentes | Área de Proteção Ambiental | — | 763 km² |
 Parque Nacional de Ilha Grande | parque nacional | Naviraí | 761 km² |
 Reserva Extrativista Lago do Cuniã | Reserva Extrativista | Rondônia | 759 km² |