 Parque Nacional Montanhas do Tumucumaque | parque nacional | Pedra Branca do Amapari | 38.353 km² |
| Reserva Extrativista do Cazumbá-Iracema | Reserva Extrativista | Sena Madureira | 7.557 km² |
 Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba | parque nacional | Lizarda | 7.498 km² |
| Floresta Nacional de Jatuarana | Floresta Nacional | Amazonas | 5.697 km² |
| Floresta Nacional do Jatuarana | Floresta Nacional | — | 5.683 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Tucurui | Área de Proteção Ambiental | Tucuruí | 5.682 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Planalto Central | Área de Proteção Ambiental | Planaltina | 5.034 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Jutaí | Reserva Extrativista | Jutaí | 2.755 km² |
 Parque Estadual Igarapés do Juruena | parque estadual | Cotriguaçu | 2.238 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São João - Mico-leão-dourado | Área de Proteção Ambiental | — | 1.504 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre das Veredas do Oeste Baiano | refúgio de vida silvestre | Bahia | 1.281 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre Veredas do Oeste Baiano | refúgio de vida silvestre | Bahia | 1.280 km² |
| Parque Nacional das Sempre-vivas | parque nacional | — | 1.266 km² |
 Parque Nacional das Sempre Vivas | parque nacional | Minas Gerais | 1.241 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía de Camamu | Área de Proteção Ambiental | Itacaré | 1.222 km² |
| Parque Estadual do Guirá | parque estadual | Cáceres | 1.046 km² |
| Parque Estadual Tucumã | parque estadual | Colniza | 810 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lago de Peixe/Angical | Área de Proteção Ambiental | Peixe | 755 km² |
 Área de Proteção Ambiental João Leite | Área de Proteção Ambiental | Anápolis | 713 km² |
 Parque Nacional do Catimbau | parque nacional | Ibimirim | 623 km² |
 Parque Estadual dos Três Picos | parque estadual | Cachoeiras de Macacu | 588 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra das Galés e da Portaria | Área de Proteção Ambiental | Paraúna | 463 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jubran | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cáceres | 355 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Onças | Área de Proteção Ambiental | São João do Tigre | 319 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Pucuruí - Ararão | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Tucuruí | 292 km² |
 Monumento Natural Monólitos de Quixadá | monumento natural | Quixadá | 288 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Alcobaça | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Tucuruí | 242 km² |
| Floresta Estadual do Araguaia | floresta etadual | — | 223 km² |
| Floresta Estadual do Araguaia | floresta estadual | Goiás | 223 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corrego da Mata | Área de Proteção Ambiental | Santa Maria de Itabira | 199 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Macacu | Área de Proteção Ambiental | Itaboraí | 195 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Santa Isabel | Área de Proteção Ambiental | Araguanã | 186 km² |
 Monumento Natural dos Pontões Capixabas | monumento natural | Águia Branca | 174 km² |
| Reserva Extrativista Mae Grande de Curuça | Reserva Extrativista | Curuçá | 142 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de São Salvador do Tocantins, Paranã e Palmeirópolis | Área de Proteção Ambiental | Paranã | 142 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda do Arrenegado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 124 km² |
| Área de Proteção Ambiental São Francisco Xavier | Área de Proteção Ambiental | São José dos Campos | 120 km² |
 Reserva Extrativista Maracanã | Reserva Extrativista | Maracanã | 119 km² |
 Estação Ecológica Águas de Cuiabá | parque estadual | Rosário Oeste | 110 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Verde Amazônia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Apiacás | 107 km² |
 Parque Nacional de Jericoacoara | parque nacional | Cruz | 88,6 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Paculândia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Corumbá | 82,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Pau Brasil | Área de Proteção Ambiental | Armação dos Búzios | 78,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Salto Magessi | Área de Proteção Ambiental | Sorriso | 78,5 km² |
 Parque Estadual do Rio do Peixe | parque estadual | Presidente Venceslau | 77,1 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Serra do Orobó | Área de Relevante Interesse Ecológico | Itaberaba | 74,0 km² |
| Area de Proteção Ambiental de Senador Firmino | Área de Proteção Ambiental | Senador Firmino | 71,8 km² |
| Área de Preservação Ambiental Rio Piracicaba | Área de Proteção Ambiental | Rio Piracicaba | 71,6 km² |
 Estação Ecológica Mico-Leão-Preto | Estação Ecológica | São Paulo | 66,8 km² |
 Parque Estadual Dom Osório Stoffel | parque estadual | Rondonópolis | 64,2 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica América Amazônica | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Apiacás | 49,4 km² |
 Parque Estadual do Araguaia | parque estadual | São Miguel do Araguaia | 46,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bom Jesus | Área de Proteção Ambiental | Bom Jesus do Galho | 45,7 km² |
 Parque Municipal Natural da Serra das Almas | parque natural | Rio de Contas | 43,8 km² |
 Parque Estadual Pico Paraná | parque estadual | Antonina | 43,3 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Itaguari | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 40 km² |
| Área de Proteção Ambiental Juca Vieira | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 34,7 km² |
| Reserva Biológica da Contagem | Reserva Biológica | Sobradinho | 34,1 km² |
| Reserva Extrativista de São João da Ponta | Reserva Extrativista | — | 34,1 km² |
| Reserva Extrativista São João da Ponta | Reserva Extrativista | Pará | 34,1 km² |
| Parque Estadual de Paraúna | parque estadual | Paraúna | 33,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tambaba | Área de Proteção Ambiental | Alhandra | 32,7 km² |
 Estação Ecológica Estadual de Guaxindiba | Estação Ecológica | São Francisco de Itabapoana | 32,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Banhado | Área de Proteção Ambiental | São José dos Campos | 31,2 km² |
 Parque Estadual Serra da Baitaca | parque estadual | Piraquara | 30,1 km² |
| Reserva Extrativista Chocoaré-Mato Grosso | Reserva Extrativista | Santarém Novo | 27,8 km² |
| Floresta Estadual de Assis | floresta estadual | São Paulo | 27,1 km² |
| Floresta Estadual de Assis | floresta etadual | — | 26,4 km² |
 Refúgio de Vida Silvestre Banhado dos Pachecos | refúgio de vida silvestre | Viamão | 26,1 km² |
| Floresta Estadual Edmundo Navarro de Andrade | floresta etadual | — | 22,2 km² |
 Floresta Estadual Edmundo Navarro de Andrade | parque | São Paulo | 22,2 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Arara Azul | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Corumbá | 20 km² |
| Floresta Estadual Pederneiras | floresta etadual | — | 19,8 km² |
| Floresta Estadual Pederneiras | floresta estadual | São Paulo | 19,4 km² |
| Parque Estadual Professor José Wacchowicz | parque estadual | Paraná | 16,9 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Rio Vermelho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Britânia | 15,9 km² |
| Floresta Nacional de Goytacazes | Floresta Nacional | Linhares | 14,3 km² |
| Reserva Extrativista do Mandira | Reserva Extrativista | — | 11,8 km² |
| Reserva Extrativista Mandira | Reserva Extrativista | São Paulo | 11,8 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Emilio Fiorentino Battistella | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Corupá | 11,6 km² |
 Parque Estadual da Serra da Concórdia | parque estadual | Rio de Janeiro | 10,4 km² |
 Parque Estadual de Itapeva | parque estadual | Torres | 10,0 km² |
| Parque Natural Municipal do Curió | parque natural | Paracambi | 9,14 km² |
| Parque Natural Municipal Cachoeira das Orquídeas | parque natural municipal | — | 8,43 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico de Itapebussus | Área de Relevante Interesse Ecológico | Rio das Ostras | 8,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica Lourdes Félix Soares | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Canaã do Norte | 8 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda da Gruta | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 7,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Frei Caneca | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jaqueira | 6,30 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Barrão | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 5,45 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ribeiro Bonito | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 5,16 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra das Almas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 4,95 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra das Almas II | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Ceará | 4,95 km² |
| Floresta Nacional de Pacotuba | Floresta Nacional | Cachoeiro de Itapemirim | 4,49 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Rama | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Água Boa | 4 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cajueiro | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 3,79 km² |
| Parque Natural Municipal das Orquídeas José Pinheiro de Souza | parque natural | Piracanjuba | 3,61 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva da Peninha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cachoeira | 3,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cantidiano Valgueiro de Carvalho Barros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Floresta | 2,85 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vale de Salvaterra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,63 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda das Pedras / Leste | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 2,62 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Ecológica José Gimenes Soares | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Canaã do Norte | 2 km² |
| Parque Natural Municipal Vale do Mulembá | parque natural | Vitória | 1,90 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Parque Florestal São Marcelo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mogi Mirim | 1,87 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Seritinga | Área de Proteção Ambiental | São João do Manhuaçu | 1,80 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda São Lourenço | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 1,77 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Grande | Área de Proteção Ambiental | Mato Grosso do Sul | 1,77 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Parque dos Pássaros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bragança Paulista | 1,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santa Clara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Goiás | 1,66 km² |
 Parque Estadual do Prosa | parque estadual | Campo Grande | 1,33 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Relógio Queimado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cafelândia | 1,11 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Bio Estação Águas Cristalinas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Brusque | 1,03 km² |
| Parque Natural Municipal Sabiá-Laranjeira de Rosal | parque natural | Bom Jesus do Itabapoana | 0,94 km² |
| Parque Natural Municipal Sabiá-laranjeira de Rosal. | parque natural municipal | — | 0,94 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Morro de Sapucaia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Sapucaia do Sul | 0,90 km² |
| Estação Ecológica do Pau Brasil | Estação Ecológica | Mamanguape | 0,82 km² |
 Parque Estadual da Ilha do Mel | parque estadual | Paranaguá | 0,75 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Adília Paraguassu Batista | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mucugê | 0,70 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Parque das Nascentes | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bragança Paulista | 0,69 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico de Goiamunduba | Área de Relevante Interesse Ecológico | Bananeiras | 0,68 km² |
| Parque Natural Municipal "Doutor Rui Calazans de Araújo" | parque natural | Paraibuna | 0,67 km² |
 Parque Natural Municipal Cachoeira da Marta | parque natural municipal | Botucatu | 0,64 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Natural Brejo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Pernambuco | 0,52 km² |
| Parque Natural Municipal do Dourado | parque natural | Piraju | 0,50 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Bio Santuário Trajeto do Cerrado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Cocalzinho de Goiás | 0,48 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Morro dos Zimbros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Porto Belo | 0,46 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Itajurú Ou Sobrado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Bárbara | 0,43 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gaia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bom Jardim | 0,40 km² |
 Monumento Natural Vale dos Dinossauros | monumento natural | Sousa | 0,39 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São João/Mico-Leão-Dourado | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,33 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Nossa Senhora das Graças | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Claro | 0,31 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio do Bananal | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Morretes | 0,29 km² |
| Parque Natural Municipal Galo da Serra | parque natural municipal | — | 0,28 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Juerana | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,27 km² |
| Parque Natural Municipal da Serra da Capoeira Grande | parque natural | Rio de Janeiro | 0,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sapucaia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Maraú | 0,19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Brejo Novo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santos Dumont | 0,18 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cec/Tinguá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Iguaçu | 0,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Carroula | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Prado | 0,15 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Paiquerê | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Iguaçu | 0,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fattoria Grigia | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Friburgo | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Recanto do Robalo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Torres | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Rio das Furnas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alfredo Wagner | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Monte Ararat | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bocaiúva do Sul | 0,10 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Degredo | Área de Relevante Interesse Ecológico | Espírito Santo | 0,10 km² |
| Apa da Fazenda da Taquara | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Porangaba | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Itaguaí | 0,09 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Fazenda da Taquara | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Paneleiros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,08 km² |
| Parque Natural Municipal Zabele | parque natural | Santa Rita de Cássia | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Morro da Palha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São Francisco do Sul | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio du Tileco | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Cabanos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Altinho | 0,06 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Monte Santo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,05 km² |
| Parque Natural Municipal Rota das Garças | parque natural municipal | Espírito Santo | 0,03 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural dos Feixos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Nova Lima | 0,02 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Semente do Arco Íris | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Toledo | 0,02 km² |