 Estação Ecológica do Grão Pará | Estação Ecológica | Oriximiná | 41.935 km² |
| Floresta Estadual do Paru | floresta estadual | Pará | 36.100 km² |
| Floresta Estadual do Trombetas | floresta etadual | — | 31.436 km² |
| Floresta Estadual do Trombetas | floresta estadual | Pará | 31.436 km² |
| Floresta Estadual do Paru | floresta etadual | — | 30.509 km² |
| Floresta Estadual do Amapá | floresta estadual | Amapá | 23.703 km² |
| Floresta Estadual do Amapá | floresta etadual | — | 23.701 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Tapajós | Área de Proteção Ambiental | Itaituba | 20.403 km² |
 Parque Nacional do Juruena | parque nacional | Apiacás | 19.566 km² |
| Área de Proteção Ambiental Triunfo do Xingu | Área de Proteção Ambiental | São Félix do Xingu | 16.796 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | Área de Proteção Ambiental | Roraima | 15.647 km² |
 Floresta Nacional do Jamanxim | Floresta Nacional | Itaituba | 13.015 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Sobradinho | Área de Proteção Ambiental | Pilão Arcado | 12.356 km² |
 Reserva Biológica de Maicuru | Reserva Biológica | Almeirim | 11.732 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Preto | Área de Proteção Ambiental | Santa Rita de Cássia | 11.469 km² |
 Parque Nacional dos Campos Amazônicos | parque nacional | Machadinho d'Oeste | 9.613 km² |
 Parque Nacional do Jamanxim | parque nacional | Itaituba | 8.598 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Unini | Reserva Extrativista | Amazonas | 8.497 km² |
| Reserva Extrativista Rio Unini | Reserva Extrativista | — | 8.497 km² |
 Floresta Nacional do Crepori | Floresta Nacional | Jacareacanga | 7.404 km² |
| Floresta Nacional do Amaná | Floresta Nacional | Itaituba | 6.827 km² |
| Floresta Estadual de Faro | floresta etadual | — | 6.140 km² |
| Floresta Estadual de Faro | floresta estadual | Pará | 6.140 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Juma | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Amazonas | 5.808 km² |
 Parque Nacional do Rio Novo | parque nacional | Itaituba | 5.381 km² |
| Floresta Estadual de Iriri | floresta etadual | — | 4.392 km² |
| Floresta Estadual de Iriri | floresta estadual | Pará | 4.392 km² |
| Reserva Extrativista Rio Iriri | Reserva Extrativista | Altamira | 3.990 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Rio Madeira | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Novo Aripuanã | 2.796 km² |
 Floresta Nacional do Trairão | Floresta Nacional | Rurópolis | 2.575 km² |
| Reserva Extrativista Terra Grande Pracuuba | Reserva Extrativista | Pará | 1.949 km² |
| Reserva Extrativista Terra Grande-pracuúba | Reserva Extrativista | — | 1.949 km² |
| Reserva Extrativista Gurupá-Melgaço | Reserva Extrativista | Gurupá | 1.454 km² |
| Reserva Extrativista Arapixi | Reserva Extrativista | Boca do Acre | 1.337 km² |
| Reserva Extrativista de Canavieiras | Reserva Extrativista | Belmonte | 1.007 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Apa | Área de Proteção Ambiental | Ponta Porã | 709 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nascentes do Rio Paraguai | Área de Proteção Ambiental | Alto Paraguai | 709 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Amambai | Área de Proteção Ambiental | Amambai | 585 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Ouro | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 507 km² |
 Parque Nacional dos Campos Gerais | parque nacional | Castro | 215 km² |
| Reserva Extrativista Lago do Cedro | Reserva Extrativista | Aruanã | 172 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre dos Campos de Palmas | refúgio de vida silvestre | Palmas | 166 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Represa Alto Rio Preto | Área de Proteção Ambiental | Rio Negrinho | 156 km² |
| Parque Estadual da Lapa Grande "paulinho Ribeiro" | parque estadual | Montes Claros | 154 km² |
| Reserva Biológica das Araucárias | Reserva Biológica | Fernandes Pinheiro | 149 km² |
| Reserva Extrativista de Recanto das Araras de Terra Ronca | Reserva Extrativista | São Domingos | 123 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Desidério | Área de Proteção Ambiental | São Desidério | 110 km² |
| Parque Estadual das Carnaúbas | parque estadual | Granja | 100 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bororé-Colônia | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 89,6 km² |
 Reserva Biológica das Perobas | Reserva Biológica | Paraná | 87,2 km² |
 Parque Estadual da Lapa Grande | parque estadual | Minas Gerais | 80,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio dos Bugres | Área de Proteção Ambiental | Rio Negrinho | 70,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental Roncador | Área de Proteção Ambiental | Pirpirituba | 61,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vargem das Flores | Área de Proteção Ambiental | Betim | 54,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa Grande | Área de Proteção Ambiental | Vila Velha | 26,1 km² |
| Parque Natural Municipal do Pombo | parque natural | Mato Grosso do Sul | 24,2 km² |
 Estação Ecológica da Guanabara | Estação Ecológica | Guapimirim | 19,4 km² |
| Parque Natural Municipal da Araponga | parque natural municipal | — | 14,9 km² |
| Parque Estadual da Mata Atlântica | parque estadual | Água Limpa | 9,37 km² |
| Parque Estadual de Santa Clara | parque estadual | Foz do Jordão | 6,32 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Vargem do Rio das Pedras | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 6,11 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Xodó do Vô Ruy | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Jardim | 4,88 km² |
 Parque Natural Municipal das Dunas da Sabiaguaba | parque natural | Fortaleza | 4,68 km² |
| Monumento Natural dos Canions do Subaé | monumento natural | Santo Amaro | 4,04 km² |
| Monuimento Natural Pedra das Flores | monumento natural | São José do Vale do Rio Preto | 3,78 km² |
| Estação Ecológica do Barreiro Rico | Estação Ecológica | Anhembi | 2,97 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Mata 01 (Bom Jardim) e Mata 02,03 e 04 (Tapera) | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Luzia do Itanhy | 2,97 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Jussaral | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Catende | 2,92 km² |
| Parque Estadual Mata da Pipa | parque estadual | Tibau do Sul | 2,91 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Alto do Palacio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santana do Riacho | 2,81 km² |
| Estação Ecológica do Cercadinho | Estação Ecológica | Belo Horizonte | 2,25 km² |
| Estação Ecológica Monte das Flores | Estação Ecológica | São José do Vale do Rio Preto | 2,14 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Trilha Coroados - Fb | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Presidente Alves | 2,10 km² |
| Arie do Torto | Área de Relevante Interesse Ecológico | Brasília | 2,09 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Torto | Área de Relevante Interesse Ecológico | distrito federal | 2,09 km² |
 Monumento Natural Morro de Santo Antônio | monumento natural | Santo Antônio de Leverger | 1,91 km² |
| Monumento Natural Gruta da Lancinha | monumento natural | Rio Branco do Sul | 1,65 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Nova Angélica | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Una | 1,35 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Chanceler Edson Queiroz | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Guaiúba | 1,31 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Engenho de Santa Rita | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Água Preta | 1,14 km² |
| Parque Natural Municipal Maracajá | parque natural municipal | — | 1,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ovidio Pires 3 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,97 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Bicho-homem | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Catende | 0,94 km² |
 Monumento Natural dos Morros do Pão de Açúcar e Urca | monumento natural | Rio de Janeiro | 0,91 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ovídio Antônio Pires 2 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,84 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Gavião de Penacho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Mato Grosso do Sul | 0,78 km² |
| Reserva Particular Dopatrimonio Natural Gavião de Penacho | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 0,78 km² |
| Parque Natural Municipal da Cidade do Natal Dom Nivaldo Monte | parque natural | Natal | 0,62 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Oiutrem | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Alfredo Chaves | 0,59 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Sítio Curió | Área de Relevante Interesse Ecológico | Ceará | 0,57 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico da Cabeceira do Córrego Mahana | Área de Relevante Interesse Ecológico | Alto Paraíso de Goiás | 0,56 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ave Lavrinha | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bocaina de Minas | 0,49 km² |
| Parque Natural Municipal dos Puris | parque natural | Piúma | 0,36 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Alto Gamarra | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,34 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural São Lourenço do Funil | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,26 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Santa Helena - Rn | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Rio Grande do Norte | 0,22 km² |
| Monumento Natural Sítio Cana Brava | monumento natural | Santana do Cariri | 0,18 km² |
| Monumento Natural Sítio Riacho do Meio | monumento natural | Barbalha | 0,18 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Serra dos Garcias | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,18 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Dois Irmãos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Cachoeira do Tombo | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Aiuruoca | 0,12 km² |
| Parque Natural Municipal Dona Ziza | parque natural | Pains | 0,11 km² |
| Parque Natural Municipal Ilha das Capivaras/Sibara | parque natural | Itajaí | 0,10 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Rio dos Monos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Barra do Choça | 0,09 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico das Aves | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 0,09 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Quebra Ossos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,07 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Berço de Furnas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Aiuruoca | 0,05 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Ovidio Pires 4 | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 0,03 km² |